[发明专利]蛋白质筛选和检测方法

权利要求书

1.一种从多肽文库筛选多肽的方法，所述方法包括下述步骤：

a. 提供第一核酸文库，其中所述第一核酸文库的各成员包含编码第一多肽文库的成员的多肽编码序列；

b. 提供第二核酸文库，其中所述第二核酸文库包含多个成员，其中各成员包含编码检测标记的标记编码序列，其中所述检测标记：

i. 通过氨基酸序列表征，所述氨基酸序列不同于由所述第二核酸文库编码的任何其他检测标记的氨基酸序列；

ii. 通过200 Da和5000 Da之间、特别500 Da和2500 Da之间、更特别约900 Da和2200Da之间的分子量来表征；以及

iii. 包含第一可切割元件；

c. 将所述第一核酸文库的所述成员中包含的所述多肽编码序列插入所述第二核酸文库的成员中，由此生成标记核酸文库，所述标记核酸文库编码标记多肽文库，其中所述标记多肽文库的各成员包含多肽和检测标记，所述检测标记与所述多肽通过所述第一可切割元件分离；

d. 从所述标记核酸文库获得多个核酸序列，其中所述多个核酸序列中的各序列包含多肽编码序列和标记编码序列；

e. 对于步骤d中获得的标记编码序列所编码的各检测标记预测质谱分析裂解模式；

f. 从所述标记核酸文库表达所述标记多肽文库；

g. 在筛选步骤中筛选所述标记多肽文库的成员，产生所筛选的多肽；

h. 切割所述第一可切割元件，由此，将所述检测标记与所述筛选的多肽分离，产生分离的检测标记；

i. 以下述方式对所述分离的检测标记进行鉴定：

i. 通过质谱分析记录所述分离的检测标记的裂解模式；

ii. 将步骤i中获得的所述裂解模式与步骤e中预测的所述裂解模式匹配，由此鉴定所述分离的检测标记；

j. 从步骤d中获得的所述多个核酸序列，筛选包含编码步骤i中所鉴定的所述检测标记的标记编码序列的核酸序列，由此鉴定与步骤i中鉴定的所述检测标记缔合的所述标记多肽文库的成员。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分离的检测标记通过－27和128之间、特别－1和70之间的疏水性值来表征。

3.根据上述权利要求任一项所述的方法，其中所述标记多肽文库的所述成员与亲和标记缔合，所述亲和标记特别选自His标记、CBP标记、CYD标记、Strep标记、StrepII标记、FLAG标记、HPC标记、GST标记、Avi标记、生物素化标记、Myc标记、3xFLAG标记以及MBP标记。

4.根据上述权利要求任一项所述的方法，其中所述检测标记与亲和标记缔合，所述亲和标记特别选自His标记、CBP标记、CYD标记、Strep标记、StrepII标记、FLAG标记、HPC标记、GST标记、Avi标记、生物素化标记、Myc标记、3xFLAG标记以及MBP标记。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述亲和标记与所述检测标记通过第二可切割元件分离，所述第二可切割元件在步骤i前被切割。

6.根据上述权利要求任一项所述的方法，其中步骤i包括通过与电喷雾电离质谱偶联的液相色谱（LC-MC）分析所述分离的检测标记。

7.根据上述权利要求任一项所述的方法，其中步骤d包括以≥ 5x的覆盖区对所述完整的标记表达文库进行测序。

8.根据上述权利要求任一项所述的方法，其中所述分离的检测标记由5至30个、特别7至21个、更特别11至15个氨基酸组成，并仅包含一个具有正电荷侧链的氨基酸。

9.根据上述权利要求任一项所述的方法，其中所述分离的检测标记包含选自序列元件I的集合的序列元件I，其中所述序列元件I由5至10个、特别7个氨基酸组成，各氨基酸彼此独立地选自A、S、T、N、Q、D、E、V、L、I、F、Y、W、G以及P。