[发明专利]用于对T细胞受体进行测序的系统和方法及其用途

权利要求书

1.一种用于对T细胞受体(TCR)进行测序的方法，包括：

a)对从T细胞获得的RNA的少于约100个碱基对的短读段进行测序；

b)将所述短读段与参考序列进行比对，其中所述参考序列不包含TCR基因序列，从而生成包括映射的短读段和未映射的短读段的读段集；

c)丢弃所述读段集中的所述映射的短读段；

d)将所述读段集中剩余的所述未映射的短读段组装成一个或多个长读段；

e)将所述一个或多个长读段翻译成对应氨基酸序列；

f)将TCR V区和TCR J区氨基酸参考序列分成约六个氨基酸的k串，将所述k串与来自步骤(e)的对应氨基酸序列进行比对，检测所述k串中映射到所述对应氨基酸序列的一个或多个保守TCR CDR3残基，对检测到的保守水平进行评分，选择保守分数高于阈值保守分数的对应氨基酸序列，并检测所选对应氨基酸序列中的候选CDR3区氨基酸序列；

g)鉴定所述一个或多个长读段中所述候选CDR3区氨基酸序列的核酸序列；

h)将所述候选CDR3区核酸序列上游的一个或多个长读段的核酸序列与一个或多个TCRV基因参考序列进行比对，对比对度进行评分，并将高于阈值比对分数的长读段鉴定为包含候选TCR V基因序列；并且

i)将所述候选CDR3区核酸序列下游的一个或多个长读段的核酸序列与一个或多个TCRJ基因参考序列进行比对，对比对度进行评分，并将高于阈值比对分数的长读段鉴定为包含候选TCR J基因序列，从而生成TCR序列。

2.一种装置，包括：

一个或多个处理器；以及

包含处理器可执行指令的存储器，所述处理器可执行指令在由所述一个或多个处理器执行时，使得所述装置：

a)接收包含从T细胞获得的RNA的少于约100个碱基对的短读段的序列数据；

b)将所述短读段与参考序列进行比对，其中所述参考序列不包含TCR基因序列，从而生成包括映射的短读段和未映射的短读段的读段集；

c)丢弃所述读段集中的所述映射的短读段；

d)将所述读段集中剩余的所述未映射的短读段组装成一个或多个长读段；

e)将所述一个或多个长读段翻译成对应氨基酸序列；

f)将TCR V区和TCR J区氨基酸参考序列分成约六个氨基酸的k串，将所述k串与来自步骤(e)的对应氨基酸序列进行比对，检测所述k串中映射到所述对应氨基酸序列的一个或多个保守TCR CDR3残基，对检测到的保守水平进行评分，选择保守分数高于阈值保守分数的对应氨基酸序列，并检测所选对应氨基酸序列中的候选CDR3区氨基酸序列；

g)鉴定所述一个或多个长读段中所述候选CDR3区氨基酸序列的核酸序列；

h)将所述候选CDR3区核酸序列上游的一个或多个长读段的核酸序列与一个或多个TCRV基因参考序列进行比对，对比对度进行评分，并将高于阈值比对分数的长读段鉴定为包含候选TCR V基因序列；并且

i)将所述候选CDR3区核酸序列下游的一个或多个长读段的核酸序列与一个或多个TCRJ基因参考序列进行比对，对比对度进行评分，并将高于阈值比对分数的长读段鉴定为包含候选TCR J基因序列，从而生成TCR序列。