[发明专利]预测抗癌途径的验证

权利要求书

1.一种用数字计算机验证受试者实体肿瘤中途径的预测途径活性的方法，该方法包括：

a)从受试者获得肿瘤相关样品；

b)从(a)中获得的肿瘤相关样品中获取组学数据；

c)将在(b)中获得的组学数据应用于带有途径分析引擎编程的数字计算机中，所述途径分析引擎被配置为在计算机中产生预测的肿瘤细胞途径活性，以提供有效治疗所述受试者的肿瘤的一种或多种药学活性抗癌化合物的预测；

d)从所述受试者获得富集的活肿瘤细胞，并使所述富集的活肿瘤细胞访问与至少一种已知的与(c)预测的一种或多种肿瘤细胞途径的途径元素相互作用的药学活性化合物，以测试至少一种药学活性化合物相对于所述受试者的富集的活肿瘤细胞的抗癌活性。

2.根据权利要求1所述的方法，进一步包括以下步骤：

e)通过将至少一种药学活性化合物的测试的抗癌活性与由(c)预测的肿瘤细胞途径活性进行比较，产生验证度量；和

f)提出验证度量以考虑针对实体肿瘤的治疗计划并且作为至少一种药学活性化合物的函数。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述富集的活肿瘤细胞至少是以下之一：

(a)从所述受试者的血液中分离的循环肿瘤细胞(CTCs)，和

(b)从所述受试者分离并移植到受照射的小鼠中的肿瘤细胞。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，来自所述受试者的肿瘤相关样品选自由以下组成的组：

(a)从所述受试者中提取的肿瘤的活检样本，

(b)从所述受试者的血液或体液中提取的富集的循环肿瘤细胞(CTCs)，和

(c)从所述受试者的血液或体液中分离的所述受试者的肿瘤脱落的RNA、DNA或无细胞RNA分子。

5.根据权利要求1所述的方法，其中，所述预测的途径活性由途径分析引擎根据概率途径模型产生。

6.根据权利要求1所述的方法，其中，所述预测的途径活性包括选自由以下组成的组的途径：组成型活性途径、上调途径、下调途径和中断途径。

7.根据权利要求1所述的方法，其中，所述途径元件包含DNA、RNA和蛋白质中的至少一种。

8.根据权利要求1所述的方法，其中，获得所述富集的活肿瘤细胞的步骤包括介电电泳、亲和分离、质量分离、FACS、LCI和微流体细胞分选中的一种或多种。

9.根据权利要求1所述的方法，其中，还包括在患者体外产生包含所述富集的活肿瘤细胞的肿瘤模型的步骤。

10.根据权利要求1所述的方法，其中，所产生的抗癌活性是通过将所述富集的活肿瘤细胞暴露于至少一种药学活性化合物后，量化生理参数来测得的。

11.根据权利要求1所述的方法，其中，所产生的抗癌活性由LCI、质谱、FISH、FACS、TS-相成像或ELISA中的一个或多个测定。

12.根据权利要求1所述的方法，还包括修改所述预测的途径活性模型的步骤。

13.根据权利要求1所述的方法，还包括推测第二途径元件对所述药学活性化合物的预测的灵敏度的步骤。

14.根据权利要求1所述的方法，还包括将对照组活性与预测的途径活性进行比较的步骤。

15.根据权利要求1所述的方法，其中，访问所述富集的活肿瘤细胞的步骤还包括将富集的活肿瘤细胞暴露于至少一种已知的与所述途径元件相互作用的第二药学活性化合物中。

16.根据权利要求1所述的方法，其中，获得所述富集的活肿瘤细胞的步骤还包括优选地选择表达特定表面标志物的活肿瘤细胞。