[发明专利]用于检测寻常型间质性肺炎的方法和系统

权利要求书

1.一种检测肺组织样品是寻常型间质性肺炎(UIP)阳性还是非寻常型间质性肺炎(非UIP)阳性的方法，包括：

(a)测定受试者的测试样品中第一组转录物和第二组转录物中每一者的表达水平，其中所述第一组转录物包括对应于在UIP中超表达并在表1和/或表15中列出的任一基因的一个或多个序列，而所述第二组转录物包括对应于在UIP中低表达并在表1和/或表15中列出的任一基因的一个或多个序列；以及

(b)将所述第一组转录物和所述第二组转录物中每一者的表达水平与相应转录物的参考表达水平进行比较，以便(1)如果相比于所述参考表达水平，存在(i)对应于所述第一组的表达水平的升高和/或(ii)对应于所述第二组的表达水平的降低，则将所述肺组织分类为寻常型间质性肺炎(UIP)，或者(2)如果相比于所述参考表达水平，存在(i)对应于所述第二组的表达水平的升高和/或(ii)对应于所述第一组的表达水平的降低，则将所述肺组织分类为非寻常型间质性肺炎(非UIP)。

2.一种检测肺组织样品是寻常型间质性肺炎(UIP)阳性还是非寻常型间质性肺炎(非UIP)阳性的方法，包括：

(a)通过测序、阵列杂交或核酸扩增来测定来自受试者肺组织的测试样品中第一组转录物和第二组转录物中每一者的表达水平，其中所述第一组转录物包括对应于在UIP中超表达并在表1和/或表15中列出的任一基因的一个或多个序列，而所述第二组转录物包括对应于在UIP中低表达并在表1和/或表15任一者中列出的任一基因的一个或多个序列；以及

(b)将所述第一组转录物和所述第二组转录物中每一者的表达水平与相应转录物的参考表达水平进行比较，以便(1)如果相比于所述参考表达水平，存在(i)对应于所述第一组的表达水平的升高和/或(ii)对应于所述第二组的表达水平的降低，则将所述肺组织分类为寻常型间质性肺炎(UIP)，或者(2)如果相比于所述参考表达水平，存在(i)对应于所述第二组的表达水平的升高和/或(ii)对应于所述第一组的表达水平的降低，则将所述肺组织分类为非寻常型间质性肺炎(非UIP)。

3.一种检测肺组织样品是UIP阳性还是非UIP阳性的方法，包括：

(a)测定在测试样品中表达的两种或更多种转录物的表达水平；以及

(b)使用计算机生成的分类器将所述样品分类为UIP或非UIP；

其中使用包括HP、NSIP、结节病、RB、细支气管炎和机化性肺炎(OP)在内的非UIP病理学亚型的非均质谱训练所述分类器；并且

其中在所述测试样品中表达的所述两种或更多种转录物选自表1和/或表15中列出的两个或更多个基因的转录物，或SEQ ID NO:1-320中的任两个或更多个。

4.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述测试样品是从所述受试者获得的多个样品的池。

5.根据权利要求1-3中的任一项所述的方法，其中所述方法包括汇集从所述受试者获得的多个单独样品的表达水平数据。

6.根据权利要求1-3中的任一项所述的方法，其包括在测定所述表达水平之前从cDNA合成双链cDNA。

7.根据权利要求1-3中的任一项所述的方法，其包括在测定所述表达水平之前从所述双链cDNA合成非天然RNA。

8.根据权利要求1-2中的任一项所述的方法，其进一步包括使用吸烟状态作为(1)或(2)的分类步骤的协变量。

9.根据权利要求8所述的方法，其中通过检测指示所述受试者的吸烟者状态的表达谱来确定吸烟状态。

10.根据前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述样品的分类包括检测对吸烟者状态偏差敏感的一种或多种转录物的表达水平，并且其中与对吸烟者偏差不敏感的转录物不同地，对所述对吸烟者状态偏差敏感的转录物进行加权。