[发明专利]用于检测食道中的食道瘤形成和/或化生的方法和组合物

权利要求书

1.用于测量从样品获得的SqBE18核酸序列或其部分中的CpG二核苷酸中的甲基化胞嘧啶的量的试剂在制备用于执行诊断受试者是否具有食道瘤形成或化生的方法的试剂盒中的用途，所述方法包括：

测量从获自所述受试者的样品获得的所述SqBE18核酸序列或其部分中的CpG二核苷酸中的甲基化胞嘧啶的量；其中如果SqBE18核酸序列或其部分中的CpG二核苷酸中的至少70％或至少75％的胞嘧啶被甲基化，则SqBE18核酸序列或其部分被认为是甲基化读数；和

测量样品中存在的甲基化读数的数目；

其中如果样品中的至少3％的SqBE18核酸序列或其部分是甲基化读数，则确定受试者具有食道瘤形成或化生。

2.权利要求1的用途，其中来自样品的SqBE18核酸序列用亚硫酸氢盐处理。

3.权利要求2的用途，其中亚硫酸氢盐转化的核酸序列的序列通过下一代测序测定。

4.权利要求1-3中任一项的用途，其中甲基化的胞嘧啶的水平在从受试者获得的SqBE18核酸序列的扩增部分中测定。

5.权利要求4的用途，其中所述扩增部分包含21个二核苷酸，其对应于或源自天然非亚硫酸氢盐处理的SqBE18基因组序列中存在的21个CpG二核苷酸。

6.权利要求1-3和5中任一项的用途，其中如果样品中的至少3.11％的SqBE18核酸序列或其部分是甲基化读数，则确定受试者具有食道瘤形成或化生。

7.权利要求1-3和5中任一项的用途，其中如果确定所述受试者具有食道瘤形成或化生，则所述方法进一步包括向所述受试者施用冷冻疗法、光动力疗法(PDT)；射频烧蚀(RFA)；激光烧蚀；氩等离子体凝固(APC)；电凝；食道支架、手术和/或治疗剂。

8.权利要求7的用途，其中所述治疗剂是质子泵抑制剂、组胺H2受体阻断剂、抗反流药物、通过胃肠道更快速地移动食物的药物、卡铂和紫杉醇顺铂和5-氟尿嘧啶(5-FU)；ECF：表柔比星顺铂和5-FU；DCF：多西他赛顺铂和5-FU；顺铂与卡培他滨奥沙利铂和5-FU或卡培他滨；多柔比星博来霉素、丝裂霉素、甲氨蝶呤、长春瑞滨托泊替康和伊立替康曲妥珠单抗和/或雷莫芦单抗。

9.权利要求7的用途，其中所述手术是内窥镜下粘膜切除术(EMR)、食管切除术和/或抗反流手术。

10.用于测量从样品获得的SqBE18核酸序列或其部分中的CpG二核苷酸中的甲基化胞嘧啶的量的试剂在制备用于执行诊断受试者是否具有食道瘤形成或化生的方法的试剂盒中的用途，所述方法包括：

测量从获自所述受试者的样品获得的所述SqBE18核酸序列或其部分中的CpG二核苷酸中的甲基化胞嘧啶的量；其中如果SqBE18核酸序列或其部分中的CpG二核苷酸中的至少70％或至少75％的胞嘧啶被甲基化，则SqBE18核酸序列或其部分被认为是甲基化读数；和

测量样品中存在的甲基化读数的数目；

其中如果样品中的至少0.1％的SqBE18核酸序列或其部分是甲基化读数，则确定受试者具有食道瘤形成或化生。

11.权利要求10的用途，其中来自样品的SqBE18核酸序列用亚硫酸氢盐处理。

12.权利要求11的用途，其中亚硫酸氢盐转化的核酸序列的序列通过下一代测序测定。

13.权利要求10-12中任一项的用途，其中甲基化的胞嘧啶的水平在从受试者获得的SqBE18核酸序列的扩增部分中测定。

14.权利要求13的用途，其中所述扩增部分包含21个二核苷酸，其对应于或源自天然非亚硫酸氢盐处理的SqBE18基因组序列中存在的21个CpG二核苷酸。