[发明专利]促进基于抗体的交换成像的组合物和方法

说明书

一种用于样品中的至少两个靶标的交换成像的方法包括(a)提供至少两种或更多种靶标识别抗体，其各自与相对应的MTAB‑DM试剂结合，所述试剂能够单价结合所述靶标识别抗体；(b)将样品与所述两种或更多种靶标识别抗体一起孵育，所述抗体各自与相对应的MTAB‑DM试剂结合；(c)顺序、分批或并行施加对应于所述MTAB‑DM的至少两个成像物部分；以及(d)顺序、分批或并行地对所述至少两个成像物部分成像。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2016年6月2日提交的美国临时申请第62/344,441号的优先权权益，其通过引用整体并入本文以用于任何目的。

序列表

序列表通过EFS-Web作为ASCII格式的文本文件与本申请同时提交，文件名为“2017-05-11_01168-0006-00PCT_SeqList_ST25.txt”，创建日期为2017年5月11日，并且大小为20,200字节。通过EFS-Web提交的序列表是说明书的一部分并据此通过引用整体并入。

说明书

技术领域

本申请提供了促进基于抗体的交换成像的组合物和方法。

背景技术

超分辨率成像可用于检测单个样品中的多个靶标。以前，针对第一靶标的第一抗体用于标记样品中的第一靶标，对所述标记成像，并且在移除或破坏该抗体或其标记之后用针对第二靶标的第二抗体标记样品，以此类推。然而，这种方法非常耗费人力并且需要用每种抗体进行长时间的单独孵育。

交换成像提供了一些改进以实现多任务能力，以使可以在同一样品上对多个靶标成像。交换成像可包括以下步骤：(1)分别将不同的可解码信息携带分子(称为对接部分或DM)附接至不同的靶标识别分子，(2)使用一组分子(称为成像物部分)(其各自特异性地识别对接部分并携带可观察部分)标记对接部分的亚组，并对相对应的靶标亚组成像，(3)移除步骤2中使用的成像物部分组或使所述成像物部分上的可观察部分失活，以及(4)使用另一组成像物部分(其各自特异性地识别对接部分并携带可观察部分)标记对接部分的另一亚组，并对相对应的靶标亚组成像，以及(5)任选地，可以重复步骤3和4以可视化多个靶标亚组。

交换成像的一个非限制性实例是DNA交换免疫荧光，其中使用抗体作为靶标识别分子以对靶蛋白或其他生物分子成像，DNA寡核苷酸作为对接部分，并且与对接部分互补并用可观察部分诸如荧光团标记的DNA寡核苷酸作为成像物部分。在步骤3中，可使用高温、变性剂、DNA解旋酶、DNA酶和/或链置换剂移除DNA，或可通过化学裂解、酶促裂解、化学漂白、光漂白、和/或光化学漂白移除对接部分上的可观察部分，诸如荧光团。

在进行DNA交换免疫荧光时，一个实际的挑战是将对接部分附接至靶标识别抗体(有时称为一抗)。一种常规且便利虽然有限的方法是利用可以区分不同一抗的全长二抗。例如，在2任务DNA交换免疫荧光中，如果两种一抗属于两种宿主物种(例如，一种来自小鼠，另一种来自兔)，那么可以使用附接至两个不同的对接部分的两种预制的二抗(一种抗-小鼠且另一种抗-兔)。类似地，如果抗体属于不同的同种型(例如，IgG1、IgG2a和IgG2b)，那么可以使用同种型特异性二抗。然而，当多种一抗属于相同的宿主物种和同种型时，不可再使用这种策略。相反，通常在进行染色之前将对接部分直接附接至靶标识别抗体。尽管存在许多抗体缀合方法(例如，参见Greg T.Hermanson,Bioconjugate Techniques第3版,第2章和第20章,ISBN:978-0-12-382239-0(2013))，但是由于诸如收率低、需要大量昂贵的一抗(其本质上可能是单克隆抗体)、首要需要高纯度、耗费人力或昂贵等原因，大多数方法是不理想的。一抗通常也以包括如白蛋白的载体蛋白的制剂形式出售，并且所述载体蛋白可以干扰某些抗体缀合技术。

因此，本领域需要用于将对接部分附接至一抗以用于交换成像的改进方法。

发明内容