[发明专利]样品中多核苷酸序列的分数丰度在审
申请号: | 201780031347.4 | 申请日: | 2017-10-24 |
公开(公告)号: | CN109564185A | 公开(公告)日: | 2019-04-02 |
发明(设计)人: | 赵亚南;W·麦肯纳;W·B·邓巴 | 申请(专利权)人: | 双孔人公司 |
主分类号: | G01N27/447 | 分类号: | G01N27/447;G01N33/487;G01N33/53 |
代理公司: | 北京市金杜律师事务所 11256 | 代理人: | 陈文平;徐志明 |
地址: | 美国加利*** | 国省代码: | 美国;US |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 多核苷酸序列 目标分析物 丰度 纳米孔传感器 分析物 校正 关联 改进 | ||
1.一种使用纳米孔装置确定混合未知样品中目标分析物的真实相对丰度的改进估计值的方法,包括
跨纳米孔装置中的纳米孔施加电压以产生可检测的电子特征并且单独地针对以下各项诱导带电分析物通过所述纳米孔的移位:
对照样品,其包含已知与参照分析物的相对丰度的目标分析物,和
包含所述目标分析物和所述参照分析物的混合未知样品,其中所述样品中所述目标分析物的相对丰度待测定;
对每个样品产生通过所述目标分析物或所述参照分析物通过所述纳米孔的移位产生的多个事件特征;
从所述多个事件特征中鉴定与所述目标分析物相关的第一事件特征的量和与所述参照分析物相关的第二事件特征的量以确定每个样品的第一和第二事件特征的检测相对丰度;和
使用所述对照样品中所述第一和第二事件特征的检测相对丰度来调整所述混合未知样品中所述第一和第二事件特征的检测相对丰度以校正检测相对丰度中的误差,从而确定所述混合未知样品中所述目标分析物的真实相对丰度的改进估计值。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述对照样品是目标对照样品,其包含所述目标分析物但不包含所述参照分析物。
3.根据权利要求1所述的方法,其中所述对照样品是参照对照样品,其包含所述参照分析物但不包含所述目标分析物。
4.根据权利要求3所述的方法,其进一步包括向纳米孔装置施加电压以对于包含所述目标分析物但不包含所述参照分析物的目标对照样品诱导带电分析物通过纳米孔传感器的移位。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其中所述未知样品中所述第一和第二事件特征的所述检测相对丰度的所述调整包括使用所述目标对照样品中和所述参照对照样品中所述第一和第二事件特征的所述检测相对丰度校正所述检测相对丰度中的所述误差。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法,其中所述误差包括所述目标分析物的假阳性或假阴性检测误差。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法,还包括向纳米孔装置施加电压以对于包含所述目标分析物和所述参照分析物的混合对照样品诱导带电分析物通过纳米孔传感器的移位,其中所述目标分析物和所述参照分析物的相对丰度是已知的。
8.根据权利要求7所述的方法,其中所述未知样品中所述第一和第二事件特征的所述检测相对丰度的所述调整包括使用所述目标对照样品、所述参照对照样品和所述混合对照样品中所述第一和第二事件特征的所述检测相对丰度校正所述检测相对丰度中的所述误差。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法,其中所述误差包括假阳性目标分析物检测误差、假阴性目标分析物检测误差、所述目标分析物和所述参照分析物之间的捕获率常数差异或其任何组合。
10.根据权利要求1所述的方法,其中所述对照样品是包含所述目标分析物和所述参照分析物的混合对照样品,其中所述目标分析物和所述参照分析物的相对丰度是已知的。
11.根据权利要求10所述的方法,其中所述误差包括所述目标分析物和所述参照分析物之间的捕获率常数差异。
12.根据权利要求7-11中任一项所述的方法,其中所述混合对照样品包含所述目标分析物与所述参照分析物的相对丰度,其相对于所述混合的未知样品相差不超过1.2倍、1.5倍、2倍、5倍或10倍。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法,其中所述真实相对丰度的估计值是所述混合未知样品中所述目标分析物与所述参照分析物的真实比率的估计值。
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