[发明专利]用于寨卡病毒的快速差别检测的组合物和方法

说明书

本发明涉及使用一步测定差别检测多种病毒的组合物和方法。待检测的病毒包括寨卡病毒、西尼罗河病毒、登革热病毒(基因型1‑4)和基孔肯雅病毒。特别地，本发明涉及使用经设计用于在病毒之间进行检测和区分的特异性引物和探针差别检测所述病毒的方法和测定。

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年3月17日提交的美国专利申请序列号62/309,770和2016年12月8日提交的序列号62/431,550的优先权，其在此通过引用整体并入。

发明领域

本发明涉及使用一步测定差别检测多种病毒的组合物和方法。待检测的病毒包括寨卡病毒、西尼罗河病毒、登革热病毒(基因型1-4)和基孔肯雅病毒。特别地，本发明涉及使用经设计用于在病毒之间进行检测和区分的特异性引物和探针差异检测病毒的方法。

发明背景

寨卡病毒(ZIKV)是一种新出现的蚊媒病毒，其影响包括非洲、亚洲和美洲在内的几个主要大陆，并被世界卫生组织(WHO)视为全球性紧急事件。ZIKV感染对孕妇具有高风险，因为其与严重的胎儿脑异常(诸如小头畸形、颅内钙化和胎儿脑破坏序列(fetal braindisruption sequence)以及眼部异常)具有因果关系(Rasmussen等，2016)。此外，ZIKV感染可能触发格林-巴利综合征(Guillain-Barrésyndrome)的风险增加(Broutet等，2016)。

在城市和郊区环境中，ZIKV在人-蚊-人传播周期中传播。除了蚊子传播以外，证据表明ZIKV可以在妊娠期间从母亲传播给胎儿。另外，还报导了向伴侣的性传播。最后，尽管尚未报导ZIKV通过输血的传播，但鉴于其它相关黄病毒的传播，ZIKV可能会通过这种途径传播。

寨卡病毒是一种黄病毒，与登革热病毒(DENV)密切相关。ZIKV诊断通常基于临床症状和流行病学联系。寨卡病毒和登革热毒感染以及来自其它病毒，即西尼罗河病毒(一种黄病毒)和基孔肯雅病毒(一种甲病毒)的感染呈现相似的临床症状，导致差别诊断困难。

迄今为止，没有用于这四种相关虫媒病毒的差别检测的方法或测定。

发明内容

本发明提供了旨在通过检测血清和尿液样本(其可与同一患者的血清样本同时收集)中的病毒RNA来检测和诊断寨卡病毒感染的测定(即，CII-ArboPlex rRT-PCR测定)，多重一步法逆转录实时聚合酶链式反应测试。该测定还可用于血清和尿液样品中来自登革热病毒(DENV 1-4型)、基孔肯雅病毒(CHIKV)和西尼罗河病毒(WNV)的RNA的差别检测。ZIKVRNA通常在感染的急性期期间和在症状发作后长达两周的血清和/或尿液中可被检测到。使用CII-ArboPlex rRT-PCR测定的阳性结果表明急性病毒感染。

本发明提供了用于检测某些虫媒病毒的核酸存在的组合物、方法和试剂盒。具体地，本发明允许对某些虫媒病毒进行差别检测。具体地，本发明允许使用聚合酶链式反应形式在一步测定中差别检测寨卡病毒以及登革热病毒、基孔肯雅病毒和西尼罗河病毒。本发明的方法和测定法是快速、廉价、灵敏且有特异性的，并且允许检测和诊断寨卡病毒以及登革热病毒、基孔肯雅病毒和西尼罗河病毒。在某些实施方案中，本发明允许检测和确定在单个样品中发现哪种或哪些种特定病毒。在一个方面，本发明是引物和探针，其不仅可以检测单个样品中的病毒，而且还可区分单个样品中包含的哪种或哪些种病毒。