[发明专利]基于蛋白质的样品采集基质和装置

说明书

本文提供了使用基于蛋白质的样品收集基质有效地分离核酸的方法和组合物。

发明背景

从固体或半固体收集基质中回收核酸在分子诊断中被广泛接受。基质的典型实例包括拭子和纸基底。因为从基底材料中的无效提取，以及使用移液或其他液体处理装置的材料的潜在干扰，从这些材料中回收核酸可以是挑战性的。另外，仪器中固体物质的存在可以触发错误信号，导致中止提取或其他延迟。

通过使用苛刻和/或毒性条件例如苯酚/氯仿可以增强核酸回收的效率，并且实际上这已用聚合物拭子进行尝试。然而，现有的固体基底不溶于胍盐和其他较温和的离液溶液中。

发明概述

本文提供的是基于蛋白质的样品收集基质，其允许有效的核酸回收、与仪器的相容性、以及离液缓冲剂（例如，基于胍盐）的应用。

本文提供的是用于从生物样品中收集核酸的方法和组合物。在一些实施方案中，提供了试剂盒，其包含a）配置为收集样品的基于蛋白质的基质；以及b）溶液，其包含约3-6M离液剂、约0.5-10%去污剂、约50-500 mM还原剂和使溶液的pH维持在约5-8的缓冲剂。在一些实施方案中，基于蛋白质的基质形成拭子。在一些实施方案中，基于蛋白质的基质形成条带，以收集液体样品（例如，血液、血液组分、尿、唾液、粘液等）。在一些实施方案中，将基于蛋白质的基质润湿并且用作擦拭物，以从表面（例如，在医院或法医背景中或者在皮肤上）收集样品。

在一些实施方案中，试剂盒进一步包含处理容器，例如用于增溶结合样品的基于蛋白质的基质。在一些实施方案中，试剂盒进一步包含过滤管、磁性玻璃珠（MGP）或用于分离目的分析物（例如核酸）的其他组分。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括洗涤缓冲液（或储备溶液或干燥的洗涤缓冲液组分以再水合）。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括洗脱缓冲液（或储备溶液或干燥的洗脱缓冲液组分以再水合）。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括蛋白酶，例如蛋白酶K。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括用于贮存结合样品的基于蛋白质的基质的容器。

在一些实施方案中，基于蛋白质的基质包括丝，例如丝织物。在一些实施方案中，基于蛋白质的基质进行修饰，例如以增加对于分析物的亲和力，例如用带正电荷的部分进行修饰以结合核酸。

在一些实施方案中，离液剂是胍盐或胍盐的组合。在一些实施方案中，去污剂是非离子型去污剂，例如聚多卡醇（polydocanol）或Tween。在一些实施方案中，还原剂是DTT或β-巯基乙醇。在一些实施方案中，缓冲剂是柠檬酸盐缓冲剂。在一些实施方案中，溶液的pH为5.8-7，例如6-6.8。

进一步提供的是用于收集样品中的核酸的方法，该方法包括使含有核酸的样品与基于蛋白质的基质接触，从而收集分析物。在一些实施方案中，该方法进一步包括将结合样品的基于蛋白质的基质置于容器中用于贮存。在一些实施方案中，基于蛋白质的基质包括丝。在一些实施方案中，基于蛋白质的基质经修饰的，例如以增加对于分析物的亲和力，例如用带正电荷的部分进行修饰以结合核酸，或用抗体部分进行修饰以结合特异性蛋白质靶。

在一些实施方案中，该方法进一步包括使基于蛋白质的基质与溶液接触，所述溶液包含约3-6 M离液剂、约0.5-10%去污剂、约50-500 mM还原剂和使溶液的pH维持在约5-8的缓冲剂，从而增溶溶液中的基于蛋白质的基质。在一些实施方案中，将基于蛋白质的基质浸入溶液中至少5分钟，例如10-180分钟、20-60分钟等。在一些实施方案中，将溶液和基于蛋白质的基质加热例如到30-60℃，以加速基质的溶解。在一些实施方案中，离液剂是胍盐或胍盐的组合。在一些实施方案中，去污剂是非离子型去污剂，例如聚多卡醇或Tween。在一些实施方案中，还原剂是DTT或β-巯基乙醇。在一些实施方案中，缓冲剂是柠檬酸盐缓冲剂。在一些实施方案中，溶液的pH为5.8-7，例如6-6.8。