[发明专利]精确的分子条形编码在审

专利信息
申请号: 201780026011.9 申请日: 2017-04-28
公开(公告)号: CN109072288A 公开(公告)日: 2018-12-21
发明(设计)人: 艾琳·夏姆;格伦·弗 申请(专利权)人: 赛卢拉研究公司
主分类号: C12Q1/6844 分类号: C12Q1/6844
代理公司: 北京安信方达知识产权代理有限公司 11262 代理人: 王玮玮;郑霞
地址: 美国加利*** 国省代码: 美国;US
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摘要:
搜索关键词: 条形码 鸟嘌呤 条形编码 寡核苷酸 核酸 减小 扩增 偏倚 分析
【权利要求书】:

1.一种包含至少1000个独特的寡核苷酸种类的组合物,每个独特的寡核苷酸种类包含条形码区域,该条形码区域包含分子条形码,该分子条形码包含至少7个核苷酸,

其中这些独特的寡核苷酸种类在其条形码区域中包含不同的核酸序列,并且

其中以下中的至少一项:

(a)该组合物基本上由独特的寡核苷酸种类组成,其中每个分子的条形码具有小于50%的G含量;或者

(b)在该组合物中所有这些独特的寡核苷酸种类的分子条形码总共具有不多于12.5%的G含量。

2.如权利要求1所述的组合物,其中该条形码区域进一步包含样品条形码,该样品条形码包含至少3个核苷酸。

3.如权利要求1或权利要求2所述的组合物,其中每个独特的寡核苷酸种类进一步包含在该条形码区域3’处的均质区域。

4.如权利要求3所述的组合物,其中该均质区域进一步包含在该条形码区域3’处的靶标特异性区域,该标特异性区域包含与靶核酸互补的至少10个核苷酸。

5.如权利要求1-4中任一项所述的组合物,其中该组合物基本上由独特的寡核苷酸种类组成,其中每个分子的条形码具有小于50%的G含量。

6.如权利要求1-5中任一项所述的组合物,其中在该组合物中所有这些独特的寡核苷酸种类的分子条形码总共具有不多于12.5%的G含量。

7.如权利要求1-6中任一项所述的组合物,其中这些独特的寡核苷酸种类布置在至少两个空间上分离的池中,每个池包含这些独特的寡核苷酸种类的至少100个独特的寡核苷酸,

其中在同一个池中的独特的寡核苷酸包含相同的样品条形码序列,并且

其中同一个池的不同的独特的寡核苷酸包含不同的分子条形码序列。

8.如权利要求2-7中任一项所述的组合物,其中每个独特的寡核苷酸种类的样品条形码具有50%或更少的G含量。

9.如权利要求1-8中任一项所述的组合物,其中每个独特的寡核苷酸种类的条形码区域具有50%或更少的G含量。

10.如权利要求1-9中任一项所述的组合物,其中这些独特的寡核苷酸种类的分子条形码总共具有小于12.5%的G含量。

11.如权利要求1-10中任一项所述的组合物,其中这些独特的寡核苷酸种类的条形码区域总共具有不多于12.5%的G含量。

12.如权利要求1-11中任一项所述的组合物,其中对于这些独特的寡核苷酸种类的至少95%,该分子条形码中的任何G都不与另一个G相邻。

13.如权利要求1-12中任一项所述的组合物,其中该组合物基本上由独特的寡核苷酸种类组成,对于该寡核苷酸种类,该分子条形码中的任何G都不与另一个G相邻。

14.如权利要求1-13中任一项所述的组合物,其中这些独特的寡核苷酸种类的分子条形码的至少95%包含总计至少6个交替的H和N的序列,其中每个“H”是A、C、或T中的任一个,并且其中每个“N”是A、G、C、或T中的任一个。

15.如权利要求1-14中任一项所述的组合物,其中这些独特的寡核苷酸种类的分子条形码的至少95%包含序列HNHNHNHN,其中每个“H”是A、C、或T中的任一个,并且其中每个“N”是A、G、C、或T中的任一个。

16.如权利要求1-15中任一项所述的组合物,其中这些独特的寡核苷酸种类的每个分子条形码包含序列HNHNHNHN,其中每个“H”是A、C、或T中的任一个,并且其中每个“N”是A、G、C、或T中的任一个。

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