[发明专利]一种适用于谷子的简化基因组建库方法

说明书

本发明涉及一种适用于谷子的简化基因组建库方法，包括以下步骤，步骤一、利用限制性内切酶ApeKⅠ分别对若干谷子样品的基因组DNA进行酶切，得到酶切产物；步骤二、将条形码接头F和通用接头R与酶切产物进行连接，得到连接产物；步骤三：将若干谷子样品的连接产物等体积混合进行纯化，得到纯化后的连接产物；步骤四、取纯化后的连接产物，用通用引物F以及1种或多种条形码引物R进行PCR扩增，获得PCR产物；步骤五、对PCR产物进行纯化，获得目标片段，得到测序文库；步骤六、使用高通量测序平台对测序文库进行测序。本发明检测通量高，成本低，建库稳定性好，测序结果准确可靠，同时，还简化基因组测序和建库的步骤。

技术领域

本发明涉及基因组测序技术，具体涉及一种适用于谷子的简化基因组建库方法。

背景技术

简化基因组测序(reduced-representation sequencing)是一种对部分基因组进行序列测定的高通量测序方法，主要包括RAD(restriction-site associated DNA)、GBS(genotyping-by-sequencing)、2b-RAD(type IIB restriction-site associated DNA)等技术。其基本原理是将样品DNA进行酶切处理后，进行上机测序。由于其测序数据量小、且又能够均匀分布于整个基因组上，所以这些技术受到越来越广泛的应用，已经被大量用于基因分型后的遗传连锁图构建、群体遗传多样性评估、种群进化分析等方面。但受制于通量低、成本高、测序质量不稳定等技术条件，谷子目前多采用基因组重测序等技术进行相关的研究，重测序的方式，建库步骤复杂，成本高，时间长且通量比较低，不能满足实际育种过程的应用。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，提供一种适用于谷子的简化基因组建库方法，该方法检测通量高，成本低，建库稳定性好，且测序结果准确可靠，同时，还简化基因组测序方式，简化了建库的步骤。

为了实现上述目的，本发明采取的技术方案如下：

一种适用于谷子的简化基因组建库方法，包括以下步骤，

步骤一、利用限制性内切酶ApeK Ⅰ分别对若干谷子样品的基因组DNA进行酶切，得到酶切产物；

步骤二、将条形码接头F和通用接头R与酶切产物进行连接，得到连接产物，所述连接产物上包含有1处条形码序列；每个谷子品种所用接头F上的条形码序列互不相同；

步骤三、将若干谷子样品经步骤二制得的连接产物等体积混合进行纯化，得到纯化后的连接产物；

步骤四、对步骤三纯化后的连接产物，采用通用引物F以及1种或多种条形码引物R进行PCR扩增，获得PCR产物，所述PCR产物为若干谷子样品PCR产物的混合物；每个谷子样品的所得PCR产物上均具有2处条形码序列；

步骤五、对步骤四所得的PCR产物进行纯化，获得目标片段，得到测序文库；

步骤六、使用高通量测序平台对测序文库进行测序。

进一步的，具体包括以下步骤：

步骤一、利用限制性内切酶ApeK Ⅰ分别对若干谷子样品的基因组DNA进行酶切，得到酶切产物；

所用酶切体系为：NEB缓冲液2μL，5000U/ml的Apek Ⅰ 0.5μL，谷子基因组DNA500ng，加水至最终体系20μL，放于PCR仪中，反应程序为75℃，2h；

步骤二、将条形码接头F和通用接头R与酶切产物进行连接，得到连接产物，所述连接产物上包含有1处条形码序列；