[发明专利]用于鉴定东北红豆杉的SNP分子标记及应用

权利要求书

1.用于鉴定东北红豆杉的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于SEQ IDNO.1所示序列的第444位碱基，若第444位的碱基为T，则鉴定为东北红豆杉。

2.权利要求1所述SNP分子标记在东北红豆杉鉴定中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，从南方红豆杉、曼地亚红豆杉、欧洲红豆杉、西藏红豆杉、东北红豆杉和云南红豆杉中鉴定出东北红豆杉。

4.用于鉴定东北红豆杉的核苷酸序列，其特征在于，所述核苷酸序列包括SEQ IDNO.1，或者SEQ ID NO.1所对应的cDNA或mRNA，所述SEQ ID NO.1序列的第444位的碱基为T。

5.一种鉴定东北红豆杉的试剂盒，其特征在于，包括用于特异性检测SEQ ID NO.1序列第444位的碱基为T存在与否的一种或多种引物，或引物和探针的组合。

6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述引物和探针选自：用于测序检测的特异性扩增引物和测序引物，引物序列分别为：

上游引物F1：5'-GCAGAGACTCAACGGAAGAT-3'，

下游引物R1：5'-CCCTATTTATCATCCAAGCG-3'，

测序引物：5'-GCAGAGACTCAACGGAAGAT-3'；

或者，用于荧光定量PCR检测的特异性扩增引物和探针，引物和探针序列分别为：

上游引物F2：5'-AGGTTGATCGTAAGATCAACTCATAT-3'

下游引物R2：5'-AATTGTATGTATAATACAATTATAC-3'

探针P2：5'-TTATAATAGAAATTTATAATGGTAACTT-3'；

或者，用于ARMS-PCR检测的特异性扩增引物，引物序列为：

上游引物F3：5'-AGGTTGATCGTAAGATCAACTCACAT-3'

下游引物R3：5'-CAGAACCTGAGCTCAGGTCAACT-3'。

7.根据权利要求5至6之一所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒用于从南方红豆杉、曼地亚红豆杉、欧洲红豆杉、西藏红豆杉、东北红豆杉和云南红豆杉中鉴定出东北红豆杉。

8.一种制备鉴定东北红豆杉试剂盒的方法，包括制备检测反应试剂的步骤，其特征在于，所述反应试剂包含用于特异性检测SEQ ID NO.1序列第444位的碱基为T存在与否的一种或多种引物，或引物和探针的组合。

9.用于鉴定东北红豆杉的寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸用于特异性检测SEQID NO.1序列第444位的碱基为T存在与否，所述寡核苷酸选自用于测序的特异性扩增引物序列和测序引物序列，分别为

上游引物F1：5'-GCAGAGACTCAACGGAAGAT-3'，

下游引物R1：5'-CCCTATTTATCATCCAAGCG-3'，

测序引物：5'-GCAGAGACTCAACGGAAGAT-3'；

或者，用于荧光定量PCR扩增特异性上游引物F2序列、下游引物R2序列和探针P2序列，分别为：

上游引物F2：5'-AGGTTGATCGTAAGATCAACTCATAT-3'

下游引物R2：5'-AATTGTATGTATAATACAATTATAC-3'

探针P2：5'-TTATAATAGAAATTTATAATGGTAACTT-3'；

或者，进行ARMS-PCR扩增的特异性上游引物F3序列和下游引物R3序列，分别为：

上游引物F3：5'-AGGTTGATCGTAAGATCAACTCACAT-3'

下游引物R3：5'-CAGAACCTGAGCTCAGGTCAACT-3'。

10.一种鉴定东北红豆杉的方法，包括以下步骤：

(1)提取待测植物的基因组DNA；

(2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，检测SEQ IDNO.1序列第444位的碱基为T存在与否；

(3)若经检测，SNP位点为T时，则判断该待测植物鉴定为东北红豆杉。