[发明专利]基于神经网络的人工标注白细胞的误差校准方法及装置有效
申请号: | 201711374057.8 | 申请日: | 2017-12-19 |
公开(公告)号: | CN108021903B | 公开(公告)日: | 2021-11-16 |
发明(设计)人: | 曹汛;洪羽萌;沈瀚;闫锋;张丽敏;杨程;蔡悦;夏永泉;李智洋 | 申请(专利权)人: | 南京大学 |
主分类号: | G06K9/00 | 分类号: | G06K9/00;G01N15/00 |
代理公司: | 南京知识律师事务所 32207 | 代理人: | 李媛媛 |
地址: | 210046 江苏*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 神经网络 人工 标注 白细胞 误差 校准 方法 装置 | ||
1.基于神经网络的人工标注白细胞的误差校准方法,其特征在于,包括如下步骤:
S1,获取染色血细胞的原始RGB图像;
S2,将原始RGB图像映射到HSV空间中,分离出S通道;
S3,绘制S通道图像的直方图,根据阈值范围将S通道图像二值化,得到细胞的二值图像;
S4,将二值图像进行一系列形态学处理;
S5,用8邻域连通的方法提取经形态学处理后的细胞图像的边缘像素点,找到细胞上下左右的边缘像素点,然后分割细胞;具体步骤为:
(1)首先从上往下、从左往右对图像进行扫描,找到连通区域的第一个目标段,标记该段并且压入堆栈,作为“区域增长”的种子段;
(2)检查当前段的上下两行是否有重叠且未标记的目标段;如果不存在重叠的目标段,则把当前段弹出堆栈;如果存在重叠且未标记的目标段,则标记该段并且压入堆栈,作为新的“种子段”;本行目标段(Xs1,Xe1)和上下两行目标段(Xs2,Xe2)重叠的准则是:
Xs1-1≤Xe2并且Xe1+1≥Xs2;
其中,Xs1表示本行目标段的起始坐标,Xe1表示本行目标段的结束坐标,Xs2表示上下两行目标段的起始坐标,Xe2表示上下两行目标段的结束坐标;
(3)后续操作不断从堆栈中取出种子段,重复步骤(2)直到堆栈为空,即标记完一个连通区域;
(4)接着搜索图像中下一个未标记的连通区域,重复上述步骤(1)-(3)直到图像中所有的连通区域标记完毕;
S6,挑选分割后细胞的图像,将每一类中特征明显的细胞图像作为训练细胞输入深度残差网络中,训练网络;
S7,将挑选后剩余的细胞作为测试细胞,用softmax分类器为测试细胞打分;如果最大分数大于或等于设定阈值,则归为某类;如果最大分数小于设定阈值,则归入子分类中;
S8,取步骤S6中训练细胞以及子分类中细胞边缘的任一像素点为极点,建立极坐标系,将所有像素点用极坐标变换一一映射到直角坐标系中;
S9,对于训练细胞,遍历细胞的边缘像素点,每个像素点作为极点,整个分割后的细胞图像极坐标变换后产生一张变换后的图像,每张图像有n个像素点,即变换n次;对于子分类中细胞,每张图像只变换一次;
S10,将训练细胞变换后的图像作为子分类网络的输入,重新训练深度残差网络,并保存网络参数;将子分类中细胞变换后的图像作为测试数据,用softmax分类器再次打分:如果细胞图像的最大得分大于或等于设定阈值,则该细胞图像归为某一子分类;如果最大得分小于设定阈值,则该细胞图像归为未分类细胞。
2.根据权利要求1所述的基于神经网络的人工标注白细胞的误差校准方法,其特征在于,所述步骤S3中,确定阈值范围的具体方法为:以白细胞为前景,其余细胞为背景,根据S通道直方图的波峰和波谷,找到分离前景与背景的临界点为0.229和0.184;大于0.184且小于0.229的点为背景,将其像素值设为0;小于或等于0.184的点为白细胞浆所在点,为前景,将其像素值设为255;大于或等于0.229的点为白细胞核所在点,为前景,将其像素值设为255。
3.根据权利要求1所述的基于神经网络的人工标注白细胞的误差校准方法,其特征在于,所述步骤S4中,将二值图像进行一系列形态学处理的具体方法为:先对二值图像进行填充运算,填补由于染色不均形成的漏洞;然后用bwareaopen函数去除小块,将颜色与细胞核相同的血小板去掉;再用1×1的模板进行闭运算处理,平滑细胞边缘区域;最后再次填充细胞,防止空洞。
4.根据权利要求1所述的基于神经网络的人工标注白细胞的误差校准方法,其特征在于,所述步骤S6中,训练细胞占总细胞数的2/3,训练细胞经过深度残差网络学习后,得到checkpoint文件,该文件存储了网络模型的各类参数。
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