[发明专利]检测登革热、基孔肯尼亚和麻疹病毒的引物探针组及方法

说明书

本公开公开了重组酶聚合酶扩增检测登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒引物探针组和试剂盒及检测方法，包括具有SEQ ID NO.1‑6所示核苷酸序列的引物，以及，含有SEQ ID NO.7‑9所示核苷酸序列的探针。本公开还提供了一种重组酶聚合酶扩增检测登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒的试剂盒，所述试剂盒包括本公开所述的引物探针组。通过上述技术方案本公开显著地提高了对登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒检测的敏感性、特异性和简便性。

技术领域

本公开涉及生物技术领域，具体地，涉及一种检测登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒的引物探针组及试剂盒和检测方法。

背景技术

登革热病毒属于黄病毒科(Flaviviruses)、黄病毒属(FlaviviruS)，为RNA病毒，常引起登革热急性传染病。登革热患者通常急性起病，首发症状为发热，可伴畏寒，24小时内体温可达40℃。部分病例发热3-5天后体温降至正常，1-3天后再度上升，称为双峰热型。发热时可伴头痛，全身肌肉、骨骼和关节疼痛，明显乏力，并可出现恶心，呕吐，腹痛，腹泻等胃肠道症状。基孔肯尼亚病毒(Chikungunya virus，CHIKV)属披膜病毒科甲病毒属的Semliki forest(SF)抗原复合群。基孔肯尼亚病毒感染人体后起病较急，潜伏期1-12天，通常3-7天，随后表现为突发高热、关节疼痛、皮疹，皮疹常见于面部或四肢伸展侧。麻疹病毒(measles virus)是麻疹的病原体，属于副粘病毒科麻疹病毒属。传染性很强，以皮丘疹、发热及呼吸道症状为特征。

根据流行病学史、临床表现及实验室检查结果，可作出登革热病毒的诊断。即使在流行病学史不详的情况下，根据临床表现、辅助检查和实验室检测结果也可作出诊断。但是由于登革热病毒引发的临床表现多样，与基孔肯尼亚热病毒导致的发热伴出血疾病和麻疹引起发热伴皮疹疾病难以区分鉴定。加之基孔肯尼亚病毒和登革热病毒是蚊媒病毒，其特殊的传播方式导致先前的研究集中在登革热病毒和基孔肯尼亚病毒的鉴别上，从而忽略了与麻疹病毒相似的早期临床症状。在实际临床工作中，由于三种病毒具有不同的毒力，且具备一定的传染性，因而快速诊断登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒就成为早期诊断和治疗的关键。建立快速、准确、简便、特异的登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒的多重快速现场检测技术，对病例的快速识别、诊断和治疗具有重要意义。

发明内容

本公开的目的是解决现有技术检测登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒时所存在的问题，提供一种登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒的检测引物探针和试剂盒，并建立一种基于重组酶聚合酶扩增(Recombinase Polymerase Amplification，RPA)技术的登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒的快速、灵敏、特异，简便的检测方法。

为了实现上述目的，本公开的第一个方面提供重组酶聚合酶扩增检测登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒引物探针组，其中，包括具有SEQ ID NO.1-6所示核苷酸序列的引物，以及，含有SEQ ID NO.7-9所示核苷酸序列的探针；

其中，SEQ ID NO.7所示核苷酸序列中，自5’端起第30位碱基标记有FAM发光基团，第31位碱基后连接脱碱基位点，第33位碱基标记淬灭基团BHQ1，3’末端标记有磷酸盐基团；SEQ ID NO.8所示核苷酸序列中，自5’端起第32位碱基标记有VIC发光基团，第33位碱基后连接脱碱基位点，第35位碱基标记淬灭基团BHQ1，3’末端标记有磷酸盐基团；SEQ ID NO.9所示核苷酸序列中，自5’端起29位碱基标记有CY5发光基团，第31位碱基后连接脱碱基位点，第32位碱基标记淬灭基团BHQ3，3’末端标记有磷酸盐基团。

本公开的第二个方面提供一种重组酶聚合酶扩增检测登革热病毒、基孔肯尼亚病毒和麻疹病毒的检测方法，其中，所述检测方法包括如下步骤：

(1)提取待测样本的总RNA；

(2)以所述总RNA为模板，并使用本公开第一个方面所述的引物探针组，进行重组酶聚合酶扩增反应；