[发明专利]诺如病毒GI型和GII型检测引物探针组

说明书

本公开公开了重组酶聚合酶扩增检测诺如病毒GI型和GII型用引物探针组和试剂盒及检测方法，包括具有SEQ ID NO.1‑4所示核苷酸序列的引物，以及，含有SEQ ID NO.5‑6所示核苷酸序列的探针。本公开还提供了一种重组酶聚合酶扩增检测诺如病毒GI型和GII型的试剂盒，所述试剂盒包括本公开所述的引物探针组。通过上述技术方案本公开显著地提高了对诺如病毒GI型和GII型检测的敏感性、特异性和简便性。

技术领域

本公开涉及生物技术领域，具体地，涉及一种诺如病毒GI型和GII型检测引物探针组。

背景技术

诺如病毒(Noroviruses，NoV)又称诺瓦克样病毒(Norwalk-likevirus，NLVs)，属于杯状病毒科，是引起病毒性胃肠炎暴发的重要病原之一。诺如病毒直径约为26-35nm，无包膜，表面粗糙，球形，呈二十面体对称；从急性胃肠炎病人的粪便中分离。诺如病毒基因组全长约7.7kb，包含3个开放阅读框(Open reading frames，ORFs)。ORF1编码非结构蛋白，包括RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase，RdRp)；ORF2和ORF3分别编码主要(VP1)和次要(VP2)衣壳蛋白。根据VP1序列的同源性，诺如病毒可分为GI-GV五个基因群，其中引起人类感染的主要是GI和GII群。

因此，针对疫情的快速暴发、传播范围广的特点，建立灵敏度高、特异性强、检测时间短、检测成本低、操作简单方便、器材要求不高的诺如病毒G I和G II检测技术，对病例的快速识别和疫情的传播控制具有非常重要的意义，对公共卫生和食品安全防控具有重要的价值。

发明内容

本公开的目的是提供一种诺如病毒GI型和GII型的检测引物探针和试剂盒，并建立一种基于重组酶聚合酶扩增(Recombinase Polymerase Amplification，RPA)技术的诺如病毒GI型和GII型的快速、灵敏、特异，简便的检测方法。

为了实现上述目的，本公开的第一个方面提供重组酶聚合酶扩增检测诺如病毒GI型和GII型用引物探针组，其中，包括具有SEQ ID NO.1-4所示核苷酸序列的引物，以及，含有SEQ ID NO.5-6所示核苷酸序列的探针；

其中，SEQ ID NO.5所示核苷酸序列中，自5’端起第31位碱基标记有FAM发光基团，第32位碱基后连接脱碱基位点，第34位碱基标记淬灭基团BHQ1；SEQ ID NO.6所示核苷酸序列中，自5’端起第31位碱基标记有VIC发光基团，第32位碱基后连接脱碱基位点，第34位碱基标记淬灭基团BHQ1。

可选的，还包括具有SEQ ID NO.7-8所示核苷酸序列的引物，以及，含有SEQ IDNO.9所示核苷酸序列的探针；其中，SEQ ID NO.9所示核苷酸序列中，自5’端起第19位碱基标记有CY5发光基团，第22位碱基后连接脱碱基位点，第25位碱基标记淬灭基团BHQ3，3’末端标记有磷酸盐基团。

本公开的第二个方面提供一种重组酶聚合酶扩增检测诺如病毒GI型和GII型的检测方法，其中，所述检测方法包括如下步骤：

(1)提取待测样本的总RNA；

(2)以所述总RNA为模板，并使用本公开第一个方面所述的引物探针组，进行重组酶聚合酶扩增反应；

(3)收集FAM和VIC检测通道荧光信号，得到检测结果；

a)若FAM荧光通道有扩增曲线，则判定样品中含有诺如病毒GI型；

b)若VIC荧光通道有扩增曲线，则判定样品中含有诺如病毒GII型。

可选的，每条引物的最终使用浓度各自为0.3-0.5μM，每条探针的最终使用浓度各自为0.08-0.15μM。