[发明专利]与谷子抗拿捕净除草剂基因紧密连锁的分子标记SIsv1208

说明书

本发明属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体地，涉及一种与谷子抗拿捕净除草剂基因紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在谷子抗拿捕净除草剂基因定位或谷子遗传育种中的用途、一种谷子抗拿捕净除草剂基因定位方法、以及一种谷子育种方法。本发明发现了与谷子抗拿捕净除草剂基因紧密连锁的分子标记SIsv1208，该分子标记与抗拿捕净除草剂基因的遗传紧密连锁距离为1.4cM，将谷子基因组DNA序列与谷子抗拿捕净除草剂基因联系起来，更有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于谷子辅助育种，对于加快谷子品种的遗传选育和改良进程具有重要的理论和实践指导意义。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种分子标记，具体地，涉及一种与谷子抗拿捕净除草剂基因紧密连锁的分子标记SIsv1208。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在谷子抗拿捕净除草剂基因定位或谷子遗传育种中的用途、一种谷子抗拿捕净除草剂基因定位方法、以及一种谷子育种方法。

背景技术

在我国谷子是特色抗旱作物，种子萌发只需要占其重量26％的水分，而高粱、小麦和玉米的种子萌发分别需要其重量的40％、45％和48％的水分，同时谷子对低土壤肥力的忍耐力较高，但目前谷子种植面积不断缩减。谷子抗除草剂品种在生产上应用较少，谷子种植需要人工除草，这一直是阻碍谷子产业化发展的主要因素之一。培育抗除草剂的谷子新品种是实现谷子规模化和机械化种植的重要基础。谷子的抗除草剂基因来源于狗尾草突变，主要有两类，一类是抗咪唑乙烟酸；一类是抗拿捕净。然而，目前生产上缺乏抗除草剂的品种。

华大基因研究院早在2009年已共同启动对谷子基因组学研究项目，并于2011年完成了阶段性研究，其成果于2012年5月在国际著名杂志《自然-生物技术》(NatureBiotechnology)上在线发表。目前，遗传连锁图谱的构建已成为基因定位、图位克隆以及基因组结构与功能研究的重要基础。而分子标记又是构建遗传连锁图谱的基础。因此，迫切需要发现与谷子抗拿捕净除草剂基因紧密连锁的分子标记。

发明内容

本发明人根据谷子全基因组序列，经过大量的数据分析和实验，提供了一种与谷子(Setaria italica L.Beauv.)抗拿捕净除草剂基因紧密连锁的分子标记SIsv1208，并由此提供了下述发明：

本发明的一个方面涉及一种与谷子抗拿捕净除草剂基因紧密连锁的分子标记SIsv1208，所述分子标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列。其中加下划线部分为引物设计区段：