[发明专利]用于检测黍子耐盐性遗传差异的五碱基重复基序分子标记

说明书

技术领域

本发明属于分子生物遗传标记技术领域，涉及用于检测黍子遗传差异的分子标记，特别是含有五碱基重复基序的分子标记。

背景技术

黍子(Panicum miliaceum L.)，起源于中国黄河流域，是世界上最早驯化的栽培作物之一。黍子抗旱耐瘠，生育期短，是北方冷凉地区的特色物种。目前全球气温日益增高，培育筛选抗旱作物势在必行。黍子环境适应性强，搞清黍子的遗传背景，是有效利用黍子的前提。

分子标记能从DNA水平上揭示黍子的遗传多样性，是分子标记辅助育种的关键。微卫星标记以简单序列重复为特点，包括二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸重复等。

虽然现有报道检测黍子遗传差异的DNA标记较多，但微卫星标记欠缺且多来自于种间。由于黍子特异性SSR标记不多，且多为三碱基重复单元，四核苷酸重复基元较少，五碱基重复基元尚缺，导致黍子遗传图谱构建受限，黍子优异基因难以通过基因工程手段在大宗作物遗传改良中发挥作用。因此，有必要开发挖掘五碱基重复序列，利用这些功能基因组元件，有效实现大宗作物的抗旱耐盐性遗传改良。

发明内容

本发明的目的是构建一组用于检测黍子耐盐性遗传差异的五碱基重复基序分子标记，利用这些分子标记可以进行耐盐性黍子的种质资源遗传多样性评估、黍子作物进化研究和分子标记辅助育种。

提供用于检测所述分子标记的引物对，是本发明的另一发明目的。

本发明所述的一组用于检测黍子耐盐性遗传差异的五碱基重复基序分子标记是具有序列表SEQ ID No.1～SEQ ID No.5所示碱基序列的一组微卫星标记，微卫星标记编号分别为RYW33、RYW34、RYW35、RYW36和RYW37。

其中RYW33为625个核苷酸，具有5次重复的五碱基重复基序(CCATC)₅，RYW34为625个核苷酸，具有5次重复的五碱基重复基序(CGATT)₅，RYW35为326个核苷酸，具有5次重复的五碱基重复基序(CCACA)₅，RYW36为416个核苷酸，具有5次重复的五碱基重复基序(GGCTT)₅，RYW37为602个核苷酸，具有5次重复的五碱基重复基序(GCGAT)₅。

进而，本发明所述的分子标记分别由各自的引物对扩增得到。其中，用于扩增RYW33的引物对具有序列表SEQ ID No.6和SEQ ID No.7所示的碱基序列，用于扩增RYW34的引物对具有序列表SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示的碱基序列，用于扩增RYW35的引物对具有序列表SEQ ID No.10和SEQ ID No.11所示的碱基序列，用于扩增RYW36的引物对具有序列表SEQ ID No.12和SEQ ID No.13所示的碱基序列，用于扩增RYW37的引物对具有序列表SEQ ID No.14和SEQ ID No.15所示的碱基序列。

本发明通过黍子五碱基核苷酸重复序列mRNA富集文库构建和含五碱基核苷酸重复序列测序，得到了一组5个五碱基核苷酸重复序列，开发确定了5个多态性丰富的黍子五碱基重复基序微卫星标记RYW33、RYW34、RYW35、RYW36和RYW37，以及用于扩增该5个五碱基重复基序位点的专用引物。

本发明上述提供的一组五碱基重复基序分子标记可以应用于检测黍子的耐盐性遗传差异。

具体地，本发明所述一组五碱基重复基序分子标记可以在耐盐性黍子的种质资源遗传多样性评估、黍子作物进化研究、分子标记辅助育种等方面得到应用。

以本发明所述一组5个多态性丰富的黍子五碱基重复基序分子标记进行耐盐性黍子种质资源遗传多样性评估、黍子作物进化研究和分子标记辅助育种，重复性好，是一种可靠有效的分子标记。

本发明开发的五碱基重复基序分子标记用于检测来源于不同生态区的耐盐性黍子种质时，条带清晰，重复性好，多态性高，是耐盐性黍子特异性的微卫星标记。

本发明选取来源于不同生态栽培区的96份黍子种植资源，以本发明上述五对引物扩增多态性，发现平均每对引物检测到的等位基因数为2.9个，检测效果显著。其中，多态性信息含量0.4208；多样性指数0.8297，高于以往研究结果(最高为0.53)。说明黍子遗传多样性丰富，本发明提供的检测用分子标记是有效的评估工具。

附图说明

图1是以5对引物扩增不同生态区6种耐盐性黍子材料的电泳图。

具体实施方式

实施例1。