[发明专利]一种改进的开放染色质检测方法及其试剂盒和应用在审
申请号: | 201711249076.8 | 申请日: | 2017-12-01 |
公开(公告)号: | CN108300774A | 公开(公告)日: | 2018-07-20 |
发明(设计)人: | 陈海洋;冯宇亮;姜昊;郑晓斌 | 申请(专利权)人: | 苏州睿迈英基因检测科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12Q1/6806 |
代理公司: | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人: | 陈卫 |
地址: | 215500 江苏省苏州*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 细胞核 检测 重悬 转座 去除 沉淀 染色质结构 染色质 临床数据 细胞组织 新鲜组织 研磨 裂解液 试剂盒 预后 冰冻 测序 裂解 滤膜 改进 开放 医疗 应用 | ||
1.一种细胞核提取方法,其特征在于,将细胞组织研磨成粉末后加入PBS重悬,离心并去除上清,再向沉淀中加入裂解液,充分裂解后离心并去除上清,沉淀用PBS重悬,将重悬后的样品过40μm滤膜得到含细胞核的滤液;
所述裂解液包含以下终浓度的各组分:50mM HEPES(pH 7.5),140 mMNaCl,1 mM EDTA(pH 8.0),0.5% NP-40,0.25% TritonX-100。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述裂解液还包含终浓度10% glycerol。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述细胞组织与裂解液的质量体积比为5~10 mg:1~2mL。
4.权利要求1~3任一项所述方法在开放染色质检测中的应用。
5.一种改进的开放染色质检测方法,其特征在于,利用权利要求1或2所述方法提取细胞组织的细胞核,然后对滤液中的细胞核进行计数,挑取50,000细胞核于PBS中,离心并去除上清,向沉淀中加入转座体系,进行转座反应;然后对已转座的DNA进行纯化,再进行PCR扩增,最后将PCR产物纯化后测序。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述对已转座的DNA进行纯化为用AMPurebeads进行纯化:向已转座的DNA中加入AMpure beads,混匀后静置,再置于磁分离架上静置分离,然后去除上清并用80%乙醇溶液洗涤,重复该步骤,去除残留的乙醇溶液,最后用EB溶液洗脱。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,所述已转座的DNA与AMpure beads的体积比为1:2~3。
8.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述PCR产物纯化为用AMPure beads进行纯化:向PCR反应产物中加入终浓度为0.65×的AMpure beads,混匀后静置,再置于磁分离架上静置分离,将上清液转到新管中,加入终浓度为1.8×的AMpure beads,混匀后静置,再置于磁分离架上静置分离,然后去除上清并用80%乙醇溶液洗涤,重复该步骤,去除残留的乙醇溶液,最后用EB溶液洗脱。
9.权利要求5~8任一项所述方法在冰冻组织开放染色质检测中的应用。
10.一种用于开放染色质检测的试剂盒,其特征在于,包含权利要求1或2所述的裂解液。
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