[发明专利]一种基于高通量测序的膀胱癌检测试剂盒

说明书

本发明公开了一种基于高通量测序的膀胱癌检测试剂盒。首先本发明提供了一种基于高通量测序计算微缺失和微重复的方法，包括以下步骤：去除低质量数据，有效区域筛选，确定基线数据，分析微重复微缺失。并基于此构建了一种基于高通量测序的膀胱癌检测试剂盒，该试剂盒与现有技术相比，具有无创、通量高、特异性高、灵敏度高的优势，能检测未知染色体异常，可以在短时间内筛查脱落细胞染色体微缺失微重复，辅助膀胱癌患者的临床基因诊断，适用于临床患者基因异常检测及疾病分类。

技术领域

本发明涉及高通量测序检测领域，更具体地，涉及一种基于高通量测序的膀胱癌检测试剂盒。

背景技术

膀胱移行细胞癌(transitional cell carcinoma，TCC，简称膀胱癌)是泌尿生殖系统常见的肿瘤之一，在发达国家或地区发病率较高，手术治疗后复发率高。国外TCC的发病率在男性泌尿生殖系肿瘤中仅次于前列腺癌，居第2位；在国内则居首位，并且近年有增加之势。TCC和其它恶性肿瘤一样，具有复杂的细胞遗传学和分子遗传学变化。细胞遗传学方面主要表现为染色体畸变，包括染色体数目和结构畸变；分子遗传学方面表现为癌基因的激活和抑癌基因的缺失及失活。TCC的发生发展是由多种遗传因素作用的结果。在TCC的发病过程中，癌组织染色体异常表现极其复杂，早期的细胞遗传学研究以及后来的比较基因组杂交(comparative genome hybridization,CGH)、杂合性缺失(loss ofheterozygosity，LOH)等分子遗传学研究显示，在TCC的发生、发展、分期、分级、治疗反应、预后评估中均易发生相当数量的非随机性染色体数目和结构的畸变。全基因组分析显示，低分期、低级别肿瘤与较高分级、较高分期肿瘤相比，具有更少的染色体畸变，同时，一些染色体畸变与肿瘤的进展及浸润有特异的相关性。膀胱的癌前病变中，包括增生、不典型增生和原位癌也发现存在染色体异常。而且在TCC患者中，形态学正常的尿路上皮也经常发现同病变部位相同类型的染色体畸变。

目前膀胱镜检查仍是诊断膀胱癌的金标准，但膀胱镜检查为有创检查，且对于原位癌容易出现漏诊。而尿脱落细胞学检查避免了这个问题。目前应用尿脱落细胞检查染色体异常的方法有荧光原位杂交技术(FISH)，实时荧光定量PCR(real-time PCR)，微阵列比较基因组杂交技术(a-CGH)等。这些方法虽为无创方法，但敏感性低、通量低、效率差，对早期、低级别肿瘤的诊断价值有限。因此，寻找无创、敏感性高、特异性强地检测方法是目前膀胱癌检测的亟需解决的问题。随着新一代基因测序技术的出现和肿瘤基因组学研究的深入，尿液脱落细胞DNA在膀胱癌诊断方面的应用正受到越来越多的重视。

膀胱尿路上皮癌与染色体异常相关性较大。已经报道显示与9p和9q的缺失在各分级和分期的肿瘤中都广泛存在；1q、3p、6p、8q、10p、17q和20q的扩增，2q、5q、8p、10q、1q、13q、14q和17p的缺失在T1和T2肿瘤中更加常见；6q的缺失、7p和Xq的扩增在T2～T4肿瘤中更加常见。

综上可知，目前临床上针对膀胱癌检测并没有一种利用高通量测序技术的，无创、敏感性高、特异性高的分析方法。

发明内容

本发明的第一个目的是为了克服现有技术的不足，提供一种基于高通量测序计算微缺失和微重复的方法。

本发明的第二个目的是为了克服现有技术的不足，提供一种基于高通量测序的膀胱癌检测试剂盒。

为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：

一种基于高通量测序的膀胱癌检测试剂盒，所述试剂盒的检测体系包括样品采集体系，DNA提取体系，DNA消化反应体系，DNA纯化体系，文库构建体系，高通量测序体系，染色体微缺失微重复分析体系；其中染色体微缺失微重复分析体系的具体方法包括以下步骤：

S1.去除低质量数据：将阴性样本和待测样本的测序数据与参考基因组比对，去除重复序列、非唯一比对序列、错误比对序列、比对质量低序列，得到唯一比对序列，筛选出MAPQ30的序列；