[发明专利]一种牡蛎中GI型诺如病毒特异性检测引物及其应用

说明书

本发明涉及一种牡蛎中GI型诺如病毒特异性检测引物，属于病毒技术领域。本发明还提供该引物的应用。其优点表现在：通过对已发表的所有GI型诺如病毒序列进行比对分析设计出一对通用型GI诺如病毒检测引物，并采用半巢式PCR的检测方法将新引物与已发表的GI检测引物(COGIFGISKR和GISKFGISKR)在特异性，覆盖率，灵敏度等方面进行比较，发现针对牡蛎中诺如病毒检测方面，新设计的GI通用型引物(NGIOF和NGIOR)具有更好的特异性，为以后的诺如病毒检测工作提供了巨大的便利。

技术领域

本发明涉及病毒技术领域，具体地说，是一种牡蛎中GI型诺如病毒特异性检测引物及其应用。

背景技术

诺如病毒(Norovirus，NoV)，又称为诺瓦克病毒，于1968年在美国俄亥俄州诺瓦克地区的一所学校中暴发的一起流行性腹泻的患者粪便中发现，因此而得名^[1-7]。诺如病毒是小圆状结构RNA病毒，属于杯状病毒科。诺如病毒基因组全长约7,700nt，包含3个开放阅读框(Open reading frames，ORFs)。ORF1编码非结构蛋白，包括RNA聚合酶(RNA-dependentRNA polymerase，RdRp)；ORF2和ORF3分别编码主要(VP1)和次要(VP2)衣壳蛋白^[8-10]。

诺如病毒主要分为6个基因类群，其中GI，GII，GIV型诺如病毒可以感染人类^[11-12]。由于GIV型诺如病毒没有GI和GII型流行，故一般着重于GI，GII型诺如病毒的研究，在GI和GII基因类群中，又可以分别细分出至少9和21中基因型。值得注意是，重组NoV的出现衍生出更多的基因亚型或变异株，使基因分型变得更为复杂^[13-15]。

诺如病毒在环境中传播的主要载体是牡蛎为代表的双壳软体动物^[16]。贝类中NoV污染不但危害人体健康，还严重影响我国的水产贸易^[17-20]。除此之外，研究发现，食用污染的牡蛎是NoV感染的主要原因，因此对牡蛎中NoV的检测有助于更好地对NoV的爆发进行诊断并进行实时监测。

本实验室中，通过利用已发表并广为运用的GI型NoV检测引物(COGIFGISKR和GISKFGISKR)对牡蛎进行NoV检测工作，发现该对引物会对阴性样品产生与目的条带大小接近的非特异性条带，这将大大阻碍对NoV的检测工作。在这种情况下，设计一对特异性良好的通用型GI型NoV检测引物将会有助于后续的检测工作以及一系列关于NoV的研究工作的展开。

中国专利文献CN103397105A公开了一种检测GII型诺如病毒的引物对和探针，及包含所述引物对和探针的试剂盒。中国专利文献CN102304514A公开了及一种引物及利用该引物检测GI型GII型诺如病毒的方法。中国专利文献CN103642943A公开了一种GI型诺如病毒的环介导等温扩增检测引物组、检测方法。中国专利文献CN106119417A公开了一种精确定量检测诺如病毒I型的试剂盒及检测方法。但是本发明的牡蛎中GI型诺如病毒特异性检测引物的设计，优化及评估目前还未见报道。

[1]Blacklow NR,Greenberg HB.Viral gastroenteritis[J].NewEngl.J Med,1991,325:252－264.

[2]de Wit MA,Koopmans MP,Kortbeek LM,Wannet WJ,Vinje J,van Leusden F,Bartelds AI,vanDuynhoven YT.Sensor,a population-based cohort study ongastroenteritis in the Netherlands:incidence and etiology.American journal ofepidemiology,2001,154(7):666-674.