[发明专利]与猪100公斤体重背膘厚相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供一种与猪100kg体重背膘厚相关的SNP分子标记及其应用。通过优化的GBS技术对3702头具有重要经济性能记录的杜洛克猪群体进行GWAS研究，通过对GWAS结果的分析得到一个影响猪100kg体重背膘厚的SNP(chr1：177645657)位点，对这个位点在中国地方猪种及商品猪种中进行SNP频率分析，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中C为优势等位基因，地方猪中T为优势等位基因。商品猪瘦肉率要高于地方猪种，说明该SNP位点可作为分子标记应用于优良猪种的选育。在瘦肉率低的群体中，通过选择等位基因C的个体进行育种，可以提高群体的瘦肉率。

技术领域

本发明涉及分子遗传学领域，特别是涉及与猪100公斤体重背膘厚性状相关的分子标记，具体地，涉及与猪100公斤体重背膘厚性状相关的SNP分子标记、其应用以及该分子标记在育种中的应用。

背景技术

我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中于猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记是第三代分子标记，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。分子标记辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。

全基因组关联分析(Genome-wide association studies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是简化基因组测序的经典代表，是一种高效的全基因组SNP分型方法，可以从群体中直接鉴定SNP并进行分型，能以较低的成本获得几万到几十万不等的SNP分型信息，已被广泛应用于动植物的分子标记开发、群体遗传分析、全基因组关联分析以及基因组选择育种等研究中(DeDonato et al.，2013；Elshire et al.，2011；He et al.，2014)。

猪的背膘厚表示脂肪多少，背膘厚度越厚瘦肉率越低，相反，则瘦肉率高。由于背膘厚与猪产肉性能有强相关性，所以在育种中具有重要的研究意义。因此，利用优化的GBS技术对猪群体进行GWAS研究，有助于快速找到影响猪背膘厚的有意义的分子标记，为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。

发明内容

本发明的第一个目的在于提供与猪100公斤体重背膘厚性状相关的SNP分子标记。

本发明的第二个目的是提供该SNP分子标记的应用。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：

测定并记录杜洛克猪的100kg体重背膘厚，对3757头杜洛克公猪进行GBS测序，鉴定到102,254个SNP覆盖了猪的整个基因组，严格质控后剩余66,737个用于3702头杜洛克猪纯种群体的100kg体重背膘厚进行GWAS研究，得到了一个与猪100公斤体重背膘厚相关的SNP(chr1：177645657)位点。该SNP分子标记位于为基因组版本Ensembl Sscrofa 10.2的chr1：177645657，该分子标记的多态性为C和T。统计该SNP在重测序的地方猪种(金华猪、五指山猪、陆川猪、梅山猪、巴马香猪、荣昌猪、莱芜猪、二花脸猪和民猪)与商品猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪和杜长大猪)中的SNP频率，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中C为优势等位基因，地方猪中T为优势等位基因。