[发明专利]一种染色质破碎方法及其应用

权利要求书

1.一种染色质破碎方法，其特征在于，包括如下步骤：

（1）用甲醛交联的方法固定细胞；

（2）将细胞离心后用缓冲液处理；

（3）将处理后溶液用微球菌核酸酶消化并超声破碎；

步骤（2）所述缓冲液为缓冲液 A、缓冲液 CF1、缓冲液 CF2、缓冲液 N1和缓冲液 N2的组合；

所述缓冲液 A为Hepes、MgCl₂、DTT和 PMSF的组合；所述Hepes的pH为7.8-8；所述Hepes的终浓度为8-12mM；所述MgCl₂的终浓度为0.5-2mM；所述DTT的终浓度为0.5-2mM；所述PMSF的终浓度为0.2-1mM；

所述缓冲液CF1为KCl、NP40和缓冲液A的组合；所述KCl的终浓度为5-15mM；所述NP40的质量百分数为0.1-5%；

所述缓冲液CF2为KCl、NaCl、甘油、NP40和缓冲液A的组合；所述KCl的终浓度为5-15mM；所述NP40的质量百分数为0.1-1%；所述NaCl的终浓度为50-100mM；所述甘油的质量百分数为5-15%；

所述缓冲液N1为Tris、NaCl 、蔗糖、MgCl₂ 、KCl和CaCl₂的组合；所述缓冲液N1的pH为6.0-9.0；所述Tris的终浓度为13-20mM；所述NaCl的终浓度为10-20mM；所述蔗糖的质量百分数为1-5%；所述MgCl₂的终浓度为3-10mM；所述KCl的终浓度为4-6mM；所述CaCl₂的终浓度为1-2 mM；

所述缓冲液N2包括NP40和缓冲液N1；所述NP40的质量百分数为0.5-3%；

步骤（3）所述处理后溶液的DNA浓度为0.5-3 μg/μL；

步骤（3）所述微球菌核酸酶的添加量为微球菌核酸酶:DNA为1 U:10-30 μg；

步骤（3）所述消化的温度为30-50℃；

步骤（3）所述消化的时间为10-30min；

步骤（3）所述超声的步骤为间歇式启动5s，暂停30s；

所述超声的频率为20kHz；

所述超声的循环数为3-5个。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，

所述缓冲液 A中，所述Hepes的pH为7.9；所述Hepes的终浓度为10 mM；所述MgCl₂的终浓度为1.5mM；所述DTT的终浓度为1mM；所述PMSF的终浓度为0.5mM；

所述缓冲液CF1中，所述KCl的终浓度为10 mM；所述NP40的质量百分数为1%；

所述缓冲液CF2中，所述KCl的终浓度为10 mM；所述NP40的质量百分数为0.5%；所述NaCl的终浓度为75mM；所述甘油的质量百分数为10%；

所述缓冲液N1中，所述缓冲液N1的pH为8.0；所述Tris的终浓度为15mM；所述NaCl的终浓度为15mM；所述蔗糖的质量百分数为3%；所述MgCl₂的终浓度为5mM；所述KCl的终浓度为5mM；所述CaCl₂的终浓度为1.5mM；

所述缓冲液N2中，所述NP40的质量百分数为1%。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，步骤（3）所述处理后溶液的DNA浓度为1 μg/μL；

步骤（3）所述微球菌核酸酶的添加量为微球菌核酸酶:DNA为1 U:20μg；

步骤（3）所述消化的温度为37℃；

步骤（3）所述消化的时间为15min。

4.一种用于染色质破碎的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1或权利要求2所述的缓冲液 A、缓冲液 CF1、缓冲液 CF2、缓冲液 N1、缓冲液 N2和微球菌核酸酶。

5.将权利要求1-3中任一项所述的方法和/或权利要求4所述的试剂盒用于ChIP-Seq的文库构建和/或染色质免疫共沉淀。