[发明专利]基于二代测序的点突变检测过滤方法、装置和存储介质

权利要求书

1.一种基于二代测序的点突变检测过滤方法，其特征在于，所述方法包括：

候选位点提取步骤，其包括利用待测样本比对到参考基因组的文件，提取突变等位基因频率超过突变等位基因频率的设定阈值的候选点突变位点集合；

初级过滤步骤，其包括初步计算候选点突变位点的突变碱基和参考碱基的支持数，过滤掉突变支持数低于突变支持数的设定阈值和/或突变等位基因频率低于突变等位基因频率的设定阈值的结果；

详细统计步骤，其包括详细统计候选点突变位点及其周围的比对信息，所述比对信息包括如下至少一项：候选点突变位点的突变碱基和参考碱基的支持数、碱基和比对质量、覆盖深度、周围非参考碱基和插入缺失情况、周围读段质量；

高级过滤步骤，其包括根据所统计的信息，过滤去除未达到设定要求的结果，得到点突变检出结果。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述候选位点提取步骤中，所述突变等位基因频率的设定阈值是1%；所述初级过滤步骤中，所述突变支持数的设定阈值是3；所述突变等位基因频率的设定阈值是1%。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述高级过滤步骤中根据所统计的信息，过滤去除未达到设定要求的结果，具体包括如下至少一项：

1）由附近上游的缺失导致的假阳性点突变；

2）由比对造成的与附近SNP位点互斥的假阳性突变；

3）由PCR扩增造成的假阳性突变；

4）突变支持数低于突变支持数的设定阈值和/或位点覆盖深度低于位点覆盖深度的设定阈值的结果；

5）待测样本中突变等位基因频率低于突变等位基因频率的设定阈值的结果；以及任选地，对照样本中对应的突变等位基因频率高于突变等位基因频率的设定阈值的结果；

6）其他低质量或高质量碱基占比超过占比的设定阈值的待检测位点，其中，所述低质量或高质量碱基包括非参考碱基和非突变碱基；

7）重复区域的突变位点；

8）周围有插入缺失富集的突变位点；

9）周围比对不匹配超过不匹配的设定阈值的突变位点；

10）支持突变的碱基富集在读段末端或一条链方向；

11）使用秩和检验，支持突变的碱基质量值或比对质量值不显著高于碱基质量值或比对质量值的设定阈值的结果；

12）使用Fisher单边检验，支持突变的软剪切读段的比例显著高于支持参考碱基的软剪切读段的比例。

4.一种基于二代测序的点突变检测过滤方法，其特征在于，所述方法包括：

候选位点提取步骤，其包括利用待测样本比对到参考基因组的文件以及对照样本比对到参考基因组的文件，提取突变等位基因频率超过突变等位基因频率的设定阈值且Fisher单边检验的P值小于P值的设定阈值的候选点突变位点集合，其中，所述对照样本是与所述待测样本来源于同一检测对象的样本；

初级过滤步骤，其包括初步计算候选点突变位点的突变碱基和参考碱基的支持数，过滤掉突变支持数低于突变支持数的设定阈值和/或突变等位基因频率低于突变等位基因频率的设定阈值的结果；

对照样本信息提取步骤，其包括统计对照样本中候选点突变碱基的支持数和突变等位基因频率；

详细统计步骤，其包括详细统计候选点突变位点及其周围的比对信息，所述比对信息包括如下至少一项：候选点突变位点的突变碱基和参考碱基的支持数、碱基和比对质量、覆盖深度、周围非参考碱基和插入缺失情况、周围读段质量；

高级过滤步骤，其包括根据所统计的比对信息和所提取的对照样本信息，过滤去除未达到设定要求的结果，得到点突变检出结果。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述突变等位基因频率的设定阈值是1%；所述初级过滤步骤中，所述突变支持数的设定阈值是3；所述突变等位基因频率的设定阈值是1%；所述Fisher单边检验的P值的设定阈值是0.1。