[发明专利]一种用于检测亚麻SSR分子标记的引物对组、试剂盒、方法及应用

说明书

本发明涉及一种用于检测亚麻SSR分子标记的引物对组、试剂盒、方法及应用。本发明所述引物对组包括引物对1和引物对2，其中，引物对1的核苷酸序列如SEQ ID NO：1‑2所示，引物对2的核苷酸序列如SEQ ID NO：3‑4所示。本发明所述引物对组、试剂盒和方法能够准确、快速地检测控制亚麻出麻率、具有主效QTL作用的SSR分子标记——GD567和GD568，通过检测上述SSR分子标记从而评价待测样品的出麻率高低，在高产亚麻种质资源的鉴定以及高产亚麻品种的选育方面具有广泛的应用前景。

技术领域

本发明涉及分子标记领域，具体而言，涉及一种用于检测亚麻SSR分子标记的引物对组、试剂盒、方法及应用。

背景技术

分子标记是以生物体的遗传物质核酸的多态性为基础的遗传标记，具有数量丰富、遗传稳定、不受基因表达与否的限制以及操作简便等特点，并可通过分子标记直接检测基因组的遗传变异。它能从遗传物质DNA水平上准确的揭示同物种内不同种、变种、品种、品系间个体的差异，具有无与伦比的优越性。分子标记目前已被广泛应用于遗传图谱构建、基因定位等方面，并被认为是鉴别品种、品种系(含杂交种、自交系)及分析种质资源遗传多样性的有利工具。目前已有多种分子标记技术被应用于亚麻的基础性研究中,其中SSR标记由于具有扩增稳定，特异性高，共显性，开发成本相对低等优点，是目前开发最多的亚麻分子标记。利用分子标记可进行基因定位并做进一步的基因克隆、在分子水平对植物的性状进行鉴定和选择，判断目的基因在杂交后代个体中是否存在，还可以进行关联分析以明确候选基因的生理效应。

关联分析是基于自然变异群体、利用连锁不平衡规律来研究遗传变异与目标性状相关关系的研究方法。与传统的QTL相比，关联分析不需要构建作图群体、广度大、精度高、能检测到同一位点多个等位基因。2001年， Thornsberry等首次成功地将关联分析应用于植物，发现dwarf8基因不但与赤霉素新陈代谢有关，而且可以影响玉米出麻率。作物的产量、品质、抗性等性状多数是数量性状，数量性状的研究对作物的遗传改良具有重要意义，关联作图正越来越多地应用于作物数量性状的遗传研究中，并已发掘了一些与作物重要数量性状相关的标记。Kraakman等用236个AFLP标记对春大麦的产量及产量稳定性进行了关联分析，发现8个与大麦产量及5 个与产量稳定性相关联的AFLP标记。在对小麦的叶枯病(Stagonospora nodorum glume blotch)抗性进行研究中，经关联分析表明SUN2-3B的 SNG抗性与标记QSng.sfr-3BSg与相关系数很大，这与连锁分析的结果一致。黄秦军等通过关联分析在1年生欧洲黑杨和4年生欧洲黑杨中分别发现10和8个SSR标记分别与4个和6个材性性状显著相关。Jing等分析了二倍体小麦的农艺品质性状与普通小麦中46个SSR标记的相关性，发现多个标记显著关联，包括一些已知的标记。Beló等对玉米553分优良自交系的8950个SNP位点采用全基因组扫描的方法进行相关分析，结果表明油酸去饱和酶(fattyacid desaturase)基因fad2与油酸含量相关联。文自翔等在对栽培和野生大豆SSR标记与农艺品质性状进行关联分析时，分别发现 27个和34个SSR位点与16个农艺性状显著相关，并发掘了一些优异等位基因。张军等在SSR标记与大豆农艺性状QTL的关联分析中，共检测到 45个SSR位点与大豆农艺性状的11个QTL显著相关，其中有22个标记位点与家系连锁定位的QTL区间重叠。姚明哲等通过关联分析在茶树中共鉴定出5个EST-SSR标记与表型性状显著关联(P<0.01)。Agramal等仅用123个SSR标记对103份水稻种质进行产量及其构成因子的关联分析，发现与产量、籽粒宽、籽粒长宽比显著相关的5个标记，还发现6个与籽粒长及4个与千粒重显著相关的标记。目前基于AFLP、SSR、SNP等标记，采用基因组扫描方法，在甜菜、大麦、小麦、玉米、大豆等作物重要性状的关联分析研究上取得了重要进展，但在既往的研究中，关联分析的方法还很少用于亚麻的研究中。