[发明专利]一种乌鳢单核苷酸多态性标记及其用途

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学和分子生态学领域，涉及单核苷酸多态性分子标记及其应用。具体涉及乌鳢单核苷酸多态性分子标记及应用。

背景技术

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)指基因组DNA序列中某个特定位点的单个核苷酸发生变异而引起的序列多态性，包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式。理论上讲，SNP可能是3个或4个等位多态性，但实际上绝大多数是二等位多态性，另外的多等位形式的多态性非常少见，通常所说的SNP都是二等位多态性的。这种变异可能是转换(C-T，在其互补链上则为G-A)，也可能是颠换(C-A，G-T，C-G，A-T)。其中转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3，其它几种变异的发生几率相似。

在基因组DNA中，任何碱基均有可能发生变异，因此SNP在基因组中的覆盖范围就比较广，既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。根据SNPs在基因组中的位置可分为编码区SNPs(coding region SNPs)、基因周边SNPs(perigenic SNPs)和基因间SNPs(intergenic SNPs)3类。大多数SNPs位于基因组的非编码区，对蛋白质无直接影响，这一类SNPs作为遗传标记在群体遗传和生物进化地研究中有着很重要的作用。少数分布在基因编码区的SNPs称为cSNPs(coding SNPs，任何碱基的改变都有可能导致编码氨基酸改变，其序列的改变会影响改变蛋白质的生物学功能，因此cSNP在遗传学尤其是与疾病相关的研究中具有重要的意义。

近年来，人们筛选未知或己知SNP的技术和方法有很多，最常见的有探针技术(TaqMan)，变性梯度凝胶电泳(DGGE)、单链构象多态性(SSCP)、聚合酶链式反应一限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)、直接测序法等，各种方法各有所长，在不同的分析领域都得到了广泛的应用。其中TaqMan探针技术的敏感性受检测时Taq酶活性影响较大，设计探针时需注意FRET的传递效率和PCR扩增效率，探针设计成本较高；SSCP操作繁琐、耗时长，结果易造成误判；PCR-RFLP是根据碱基的突变会产生或消除某些酶切位点，从而利用限制性内切酶的特异性，用一种或多种限制性内酶作用于同一DNA片段，如果酶切位点存在SNPs位点，酶切片段的大小和数目就会出现差异，然后进行电泳检测就可以判断是否有SNPs位点以及碱基替换的类型。缺点是该方法只适用于检测酶切位点处的SNPs，对于酶切位点以外的SNPs则无法检测。直接测序法是最为快速、直接，但测序成本较高。随着分子生物学技术的飞跃发展，近几年又出现了一系列高灵敏度、高通量的基因分型方法，可以满足大样本及多SNPs位点的基因分型要求。