[发明专利]一种三角帆蚌微卫星标记及其应用

说明书

本发明公开了一种三角帆蚌微卫星标记，该三角帆蚌微卫星标记的核苷酸序列为SEQ ID NO：2所述，或该核苷酸序列的互补序列；所述SEQ ID NO：2对应微卫星位点Hc2。三角帆蚌微卫星标记的特异性引物对为微卫星位点Hc2特异性引物。其用途为：可用于检测三角帆蚌种群遗传多样性、分析三角帆蚌亲缘关系、三角帆蚌辅助育种的工具。

本发明是申请日为2015-12-15，申请号为201510933465.7的《三角帆蚌微卫星标记及其应用》的分案申请。

技术领域

本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，具体涉及一种三角帆蚌微卫星分子标记及其应用。

背景技术

微卫星DNA，又称为短串联重复序列或简单序列重复。它是以1-6个碱基的短核苷酸为基本单位首尾相连组成串联重复序列，由于重复次数不同以及重复程度的不完全造成了每个位点的长度多态性。由于每个微卫星两端的序列多是相对保守的单拷贝序列，再经电泳分析，即可显示不同基因型个体微卫星的多态性。微卫星由于分布广泛，密度大，多态性丰富，遵循孟德尔分离定律，共显性遗传、易于PCR扩增，所需DNA数量极少，对DNA质量要求不高，结果重复性好等优点，目前已被广泛应用于遗传多样性、亲缘关系分析、连锁图谱构建、功能基因定位、分子标记辅助育种等领域。

三角帆蚌隶属于体动物门(Mollusca)，双壳纲(Bivalvia)，蚌目(Unionida)，蚌科(Unionidae)，帆蚌属(Hyriopsis)，别名三角蚌、水壳等。三角帆蚌为我国特有种，分布于河北、山东、安徽、江苏、浙江、江西、湖北和湖南等省大、中、小型湖泊及其周围河流内。三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)是我国最主要的淡水经济贝类之一，也是我国主要的淡水育珠蚌，其每年的淡水珍珠产量占世界的95％以上。但由于过度开发、环境污染等原因，三角帆蚌资源显著减少，因此，保护天然种质资源是开展三角帆蚌育种的基础。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种三角帆蚌微卫星标记及其扩增引物，为三角帆蚌的种群遗传学、家系鉴定及分子标记辅助育种提供有效的工具。

为了解决上述技术问题，本发明提供一种三角帆蚌微卫星标记，该三角帆蚌微卫星标记的核苷酸序列为SEQ ID NO：1、或SEQ ID NO：2所述；或为上述核苷酸序列的互补序列；

所述SEQ ID NO：1对应微卫星位点Hc1，所述SEQ ID NO：2对应微卫星位点Hc2。

作为本发明的三角帆蚌微卫星标记的改进：三角帆蚌微卫星标记的特异性引物对为如下任一所示：

微卫星位点Hc1特异性引物：F：CTGCATAAGGGCACATGATTTA

R：TGTTTGCAGCTAAAATGAGG

微卫星位点Hc2特异性引物：F：GGTTTGCCTTCTACGAAAGATG

R：CCCCAAATGTTTTTATGACCAG。

本发明还同时提供了上述三角帆蚌微卫星标记的用途：可用于检测三角帆蚌种群遗传多样性、分析三角帆蚌亲缘关系、三角帆蚌辅助育种的工具(即，对三角帆蚌进行遗传分析、种质资源调查或辅助育种)。

作为本发明的三角帆蚌微卫星标记的用途的改进：利用引物对检测三角帆蚌种群遗传多样性的方法包括如下步骤：

1)、提取三角帆蚌外套膜基因组DNA(可采用酚-氯仿法)；

2)、微卫星PCR扩增：

采用微卫星位点Hc1特异性引物或者微卫星位点Hc2特异性引物，以三角帆蚌基因组DNA为模板进行PCR，从而获得三角帆蚌个体微卫星扩增产物；