[发明专利]一种鉴定水稻品种的CAPS分子标记方法及应用

说明书

技术领域

本发明属于植物生物技术领域。更具体地，涉及一种鉴定水稻品种的CAPS分子标记方法及应用。

背景技术

水稻种植品种主要为亚洲栽培稻，又根据一系列表型差异分为籼稻（OryzasalivasubspIndica）和粳稻（OryzasalivasubspJapanica），我国根据不同地域种植条件和生产需求，发展培育了上千种籼稻和粳稻品种。要保证高产稳产，水稻品种的种子纯度是最关键的因素之一。传统上鉴定水稻品种纯度，在幼苗期、抽穗期、腊熟期等不同生育期进行。鉴定的性状主要有三个方面，即植株性状、穗部性状与谷粒性状，但在实际生产应用上受鉴定者的经验影响极大。而且随着现代育种发展，部分品种的表型性状与经典的籼稻粳稻差异较大，例如部分粳稻的谷粒不是阔而短，较厚，呈椭圆形或卵圆形而是偏向于谷粒狭长等。因此，在生产实践中，有必要寻找快速精确鉴定籼稻、粳稻差异的方法。针对水稻遗传信息DNA序列在籼稻和粳稻间的遗传差异进行分子标记鉴定是高效准确的方法。SNP（single nucleotide polymorphism）标记以及根据SNP标记发展出的CAPS标记（cleaved amplified polymorphic sequence）技术能够获得其它分子标记技术不能显示的更加丰富的多态性（RafalskiA.Applications of single nucleotide polymorphisms in cropgenetics.CurrOpin Plant Biol，2002，5(2)94～100）。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是克服传统水稻籼稻和粳稻品种鉴别技术存在的缺陷和不足，提供一种能快速、准确鉴定水稻是否为籼稻或者粳稻品种的CAPS分子标记方法。本发明提供的分子标记在实际应用中，只需PCR结合酶切，成本低、通量高、加上特异性高，非常适用于生产实践中。

本发明的目的是提供一种水稻V14基因的特异性分子标记V14SNP1。

本发明的另一目的是提供一种检测上述分子标记的引物。

本发明的再一目的是提供一种鉴定水稻籼稻和粳稻品种的CAPS分子标记方法。

本发明的上述目的是通过以下技术方案给予实现的：

一种水稻V14基因的特异性分子标记V14SNP1，其在粳稻中的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在籼稻中的序列如SEQ ID NO：2所示。

本发明的的特异性分子标记V14SNP1，其在粳稻品种和普通野生稻，籼稻和Nivara野生稻中都高度保守，V14SNP1在粳稻和籼稻中的序列在222bp处存在一个G←→C的SNP位点差异，本发明对比了众多水稻品种的V14SNP1，证实其在水稻粳稻和籼稻中高度保守，表明可利用特异性分子标记V14SNP1来鉴别水稻品种。

因此，SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示的特异性分子标记V14SNP1在鉴定水稻籼稻和粳稻品种中的应用亦在本发明保护范围内。

一种用于检测上述分子标记V14SNP1的引物组，所述引物的序列如SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4所示；

上游引物：5’-TGAGAAACTTACCATTGGC-3’（ SEQ ID NO：3）；

下游引物：5’-AAGCATCCTCTTCATATCCTTG-3’（ SEQ ID NO：4）。

SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示引物组可作为CAPS标记引物用于鉴定水稻品种，因此，所述引物组在鉴定水稻籼稻和粳稻品种中的应用亦在本发明保护范围内。

一种鉴定水稻籼稻和粳稻品种的CAPS分子标记方法，包括如下步骤：

S1.提取水稻样本基因组DNA；

S2.以上述引物对SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4对步骤S1基因组DNA进行PCR扩增；

S3.将步骤S2的PCR产物经Hha I酶切后电泳，得到CAPS标记；

S4.电泳结果判断：若得到440bp的电泳条带则该水稻样本为籼稻，若得到220bp的电泳条带，则该水稻品种为粳稻。

优选地，所述PCR反应体系为10×PCR Buffer 10μL，10mmol/L dNTPs 0.2μL，0.1μmol/L PCR引物各1μL，高保真PCR聚合酶 5U，DNA模板0.2μg，去离子水补充至100μL。