[发明专利]一种检测待测样品中微生物的种类和相对含量的方法及其专用引物组合有效
申请号: | 201710947218.1 | 申请日: | 2017-10-12 |
公开(公告)号: | CN109652567B | 公开(公告)日: | 2022-05-10 |
发明(设计)人: | 王丽丽;赵明玉;石振奋;赵孟;石太平;宋金良;刘如银 | 申请(专利权)人: | 北京乐土医学检验实验室有限公司 |
主分类号: | C12Q1/689 | 分类号: | C12Q1/689;C12Q1/06;C12N15/11 |
代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人: | 关畅 |
地址: | 102206 北京市昌平区回龙观镇中*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 检测 样品 微生物 种类 相对 含量 方法 及其 专用 引物 组合 | ||
1.引物组合,由引物组和引物对X组成;
所述引物组由引物对V3、引物对V4和引物对V6组成;所述引物对V3由引物V3-FX和引物V3-RX组成;所述引物对V4由引物V4-FX和引物V4-RX组成;所述引物对V6由引物V6-FX和引物V6-RX组成;所述引物对X由引物X-FX和引物X-RX组成;
所述引物V3-FX自5’端到3’端依次包括如下两个区段:甲区段和V3-F区段;所述引物V3-RX自5’端到3’端依次包括如下两个区段:乙区段和V3-R区段;所述V3-F区段和所述V3-R区段特异靶向细菌16S rDNA中的V3区域;
所述引物V4-FX自5’端到3’端依次包括如下两个区段:所述甲区段和V4-F区段;所述引物V4-RX自5’端到3’端依次包括如下两个区段:所述乙区段和V4-R区段;所述V4-F区段和所述V4-R区段特异靶向细菌16S rDNA中的V4区域;
所述引物V6-FX自5’端到3’端依次包括如下两个区段:所述甲区段和V6-F区段;所述引物V6-RX自5’端到3’端依次包括如下两个区段:所述乙区段和V6-R区段;所述V6-F区段和所述V6-R区段特异靶向细菌16S rDNA中的V6区域;
所述V3-F区段的核苷酸序列如序列表中序列3所示;
所述V3-R区段的核苷酸序列如序列表中序列4所示;
所述V4-F区段的核苷酸序列如序列表中序列5所示;
所述V4-R区段的核苷酸序列如序列表中序列6所示;
所述V6-F区段的核苷酸序列如序列表中序列7所示;
所述V6-R区段的核苷酸序列如序列表中序列8所示;
所述引物X-FX依次包括如下两个区段:Adapter5区段和read1区段;
所述引物X-RX依次包括如下两个区段:Adapter7区段和read2区段;
所述read1区段中3’末端的15-20个核苷酸与所述甲区段一致;
所述read2区段中3’末端的15-20个核苷酸与所述乙区段一致。
2.如权利要求1所述的引物组合,其特征在于:
所述Adapter5区段的核苷酸序列如序列表中序列28所示;
所述Adapter7区段的核苷酸序列如序列表中序列30所示。
3.如权利要求1所述的引物组合,其特征在于:
所述read1区段的核苷酸序列如序列表中序列29所示;
所述read2区段的核苷酸序列如序列表中序列31所示;
所述甲区段的核苷酸序列如序列表中序列1所示;
所述乙区段的核苷酸序列如序列表中序列2所示。
4.如权利要求1所述的引物组合,其特征在于:
所述引物V3-FX中,所述甲区段和所述V3-F区段之间还包括barcode FX区段;
所述引物V3-RX中,所述乙区段和所述V3-R区段之间还包括barcode RX区段;
所述引物V4-FX中,所述甲区段和所述V4-F区段之间还包括所述barcode FX区段;
所述引物V4-RX中,所述乙区段和所述V4-R区段之间还包括所述barcode RX区段;
所述引物V6-FX中,所述甲区段和所述V6-F区段之间还包括所述barcode FX区段;
所述引物V6-RX中,所述乙区段和所述V6-R区段之间还包括所述barcode RX区段;
所述barcode FX区段由8-10个核苷酸组成;所述barcode RX区段由8-10个核苷酸组成。
5.如权利要求4所述的引物组合,其特征在于:
所述barcode FX区段为barcode F1区段至barcode F16区段中的任一种;所述barcodeF1区段至所述barcode F16区段的核苷酸序列依次如序列表中序列9至序列24所示;
所述barcode RX区段为barcode R1区段至barcode R3区段中的任一种;所述barcodeR1区段至所述barcode R3区段的核苷酸序列依次如序列表中序列25至序列27所示。
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