[发明专利]一种用于鉴定西瓜果实形状的插入缺失标记位点、引物及应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定西瓜果实形状的插入缺失标记位点、引物及应用，属于生物技术领域。所述的插入缺失位点位于西瓜基因组97103的第3号染色体的第26847023位核苷酸到第26847181位核苷酸共计159bp的区域，插入缺失区域的序列如SEQ.ID.NO.1所示。本发明还公开了一种用于鉴定西瓜果实形状的PCR扩增引物对，一种鉴定西瓜果实形状的方法及其应用。本发明的插入缺失标记位点，是基于候选基因开发出来的与果实长圆紧密连锁的插入缺失分子标记，利用该插入缺失标记能够在苗期准确快速的鉴定出西瓜果实形状，具有检测方便、扩增产物稳定的优点。

技术领域

本发明涉及一种用于鉴定西瓜果实形状的插入缺失标记位点、引物及应用，属于生物技术领域。

背景技术

选择是育种中最重要的环节之一，它是指在一个群体中选择符合要求的基因型来进行后续的培育。然而在传统的育种过程中，由于很难获知后代的基因型，因此选择的依据通常是植株的表现型而非基因型。这种选择往往耗时较长且可能与基因型有偏差，造成选择的不准确性和效率低下。而利用分子标记辅助育种可以快速检测到目标基因或者与目标性状基因紧密连锁的位点，达到选择目标性状的目的，具有快速、准确、不受环境条件干扰的优点。可作为鉴别亲本亲缘关系，回交育种中数量性状和隐性性状的转移、杂种后代的选择、杂种优势的预测及品种纯度鉴定等各个育种环节的辅助手段。

西瓜是世界十大水果之一，而我国是世界第一西瓜生产大国，然而现阶段我国西瓜育种主要仍是以传统育种为主，分子标记辅助育种应用较少。早在上世纪四十年代Weetman等人通过分离群体试验认为西瓜果实长圆受单基因控制。Yao Cheng等人通过构建西瓜遗传连锁图谱，将西瓜长圆定位到第5号连锁群，但遗传图谱和物理图谱有一定差异，因此未得到控制果实长圆的候选基因，也未开发出紧密连锁的标记(详见：Yao Cheng，etal.Construction of a genetic linkage map of watermelon(Citr ullus lanatus)using CAPS and SSR markers and QTL analys is for fruit qualitytraits.Scientia Horticulturae[J]，2016,202:25-31)。若得到相关性状的候选基因，基于候选基因开发的分子标记将大大提高分子标记辅助选择的准去性和有效性。因为分子标记辅助选择有两个重要的前提，首先必须得到与目标性转紧密连锁的标记，其次检测要求自动化，由于分子标记辅助选择要求对大规模群体进行，因此检测应当快速、低成本、准确性高。

目前，园艺作物中关于果实形状的研究大多都是定位到某一个位点，未能得到候选基因，而西瓜中关于果实长圆的研究鲜有报道。西瓜果实形状的选育大多还是通过传统的杂交育种来进行表型鉴定，选育效率低下。因此开展西瓜果实长圆的研究，确定控制西瓜果实长圆的候选基因，基于候选基因开发紧密连锁的标记可以为西瓜分子辅助育种提供有效的帮助，同时大大缩短育种进程并提高选择的准确性。

发明内容

本发明的目的之一，是提供一种用于鉴定西瓜果实形状的插入缺失标记位点。本发明的插入缺失标记位点，是基于候选基因开发出来的与果实长圆紧密连锁的插入缺失分子标记，利用该插入缺失标记能够在苗期准确快速的鉴定出西瓜果实形状，通过其在育种进程中的运用可以大大加快西瓜果实形状选择育种的进程，具有检测方便、扩增产物稳定的优点。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下：一种用于鉴定西瓜果实形状的插入缺失标记位点，所述的插入缺失位点位于西瓜基因组97103的第3号染色体的第26847023位核苷酸到第26847181位核苷酸共计159bp的区域，插入缺失区域的序列如SEQ.ID.NO.1所示。

本发明的插入缺失标记位点能够对西瓜果实形状进行大规模鉴定，不仅快速有效，而且在苗期就可以进行鉴定，大大缩短了育种的周期，可以在生产中大规模应用。

在上述技术方案的基础上，本发明还可以做如下改进。