[发明专利]一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法

权利要求书

1.一种基于猪ERV转座子插入多态性筛选分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)利用ERV的LTR序列作为查询序列，在生物学公用数据库中对猪公开的基因组进行检索，寻找插入位点；所述ERV的LTR序列是SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3、SEQID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ ID No.7、SEQ ID No.8、SEQ ID No.9、SEQ IDNo.10、SEQ ID No.11、SEQ ID No.12、SEQ ID No.13、SEQ ID No.14、SEQ ID No.15、SEQ IDNo.16、SEQ ID No.17、SEQ ID No.18、SEQ ID No.19或SEQ ID No.20；

(2)针对步骤(1)寻找到的ERV的每个插入位点，分别向上游和下游延伸300-500个核苷酸序列，然后分别下载每条序列；

(3)将步骤(2)获得的序列去除冗余并进行多序列比对，每条插入位点序列保留300-500个ERV插入位点侧翼区核苷酸序列和LTR序列；

(4)根据步骤(3)获得的序列信息设计检测引物，作为待验证分子标记引物，其中使一侧引物位于ERV插入位点的基因组侧翼序列中，另一侧引物位于ERV的LTR序列中；

(5)利用步骤(4)所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。

2.根据权利要求1所述基于猪ERV转座子插入多态性筛选分子标记的方法，其特征是：所述步骤(3)是将获得的序列利用CD-HIT程序按照相似性95％进行合并，去除冗余，并进行多序列比对，每条插入位点序列保留300-500个ERV插入位点侧翼区核苷酸序列和LTR序列，最终获得若干基因组位置特异序列。

3.根据权利要求1所述基于猪ERV转座子插入多态性筛选分子标记的方法，其特征是：所述步骤(4)根据LTR查询下载的序列设计检测引物，使一侧引物位于LTR侧翼序列中，另一侧引物位于LTR序列中，最后获得若干待验证分子标记引物。

4.根据权利要求1所述基于猪ERV转座子插入多态性筛选分子标记的方法，其特征是：所述步骤(5)利用待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。