[发明专利]拷贝数变异检测预处理装置、检测装置、判定装置和系统

说明书

本发明提供了一种用于对捕获的目标区域上的基因进行拷贝数变异检测的预处理装置、检测装置、真伪判定装置以及系统，其中的预处理装置，其特征在于，包括：数据标准化部、基因相对拷贝数参数计算部以及外显子相对拷贝数参数计算部，其中，数据标准化部对正确比对数据进行标准化处理得到标准化数据；基因相对拷贝数参数计算部基于标准化数据并根据基因预定计算规则，计算得到基因的基因相对拷贝数参数；外显子相对拷贝数参数计算部基于标准化数据并根据外显子预定计算规则，逐一对一个基因的各个外显子计算得到与该基因相应的各个外显子相对拷贝数参数。

技术领域

本发明属于生物信息领域，具体涉及一种用于对捕获的目标区域上的基因进行拷贝数变异检测的预处理装置、检测装置、真伪判定装置以及系统。

背景技术

伴随人类基因组数据的不断完善和二代测序成本的降低，与此同时，针对肿瘤治疗的靶向药物也越来越多，二代测序技术也随着精准医疗的推广和肿瘤治疗结合越来越紧密。

目前，基于二代测序的研究主要集中在实体肿瘤组织测序、循环肿瘤DNA测序以及单细胞测序等技术，而实体肿瘤组织测序通过设计针对性的探针捕获目的区域(小片段/小panel)测序，是当前使用最广、精确度最好的技术，也被称作针对肿瘤测序的金标准，该方法为患者提供了高效精准的靶向药物选择方案，可使患者在更快获得靶向药物治疗的同时既赢得了时间也降低了不同种类靶向药之间选择的经济压力，可使患者更快更精准更便宜的获益，显著提高相关受益患者生存率。

而在实体肿瘤组织测序中，拷贝数变异(Copy Number Variants,CNV)扮演了很重要的角色。CNV一般指染色体上大于1Kb的片段发生丢失或重复的现象。CNV是一种广泛存在动植物基因组中的遗传多态，它的突变频率远高于SNP。

然而，现有的CNV检测方法大多是针对全基因组或者全外显子组测序数据的，如CNV-seq,CNVnator,EXCAVATOR和Contra等。但是，上述方法均要做片段化处理，通过特定的统计学算法将拷贝数相似且相邻的区间合并成一个大片段，对该大片段进行检测，但是小panel测序的基因太少，且在染色体上的距离都很远，直接使用上述的方法会把距离很远的两个基因合并到一个片段，这种处理之后对小panel内各基因的特征显著性会大大降低，影响检出效率，所以不能适用上述方法进行CNV的检测。

发明内容

本发明提供一种用于对捕获的目标区域上的基因进行拷贝数变异检测的预处理装置、检测装置、真伪判定装置以及系统。

为了实现上述目的，本发明采用了如下技术方案：

本发明提供了一种拷贝数变异检测的预处理装置，对采用多个探针捕获样本得到的目标区域进行基因测序后并比对到参考基因组得到的正确比对数据进行处理得到能用于拷贝数变异检测得到检测结果或能用于对该检测结果进行真伪判定的数据或参数，其特征在于，包括：数据标准化部、基因相对拷贝数参数计算部以及外显子相对拷贝数参数计算部，其中，数据标准化部根据与探针分别对应的预定区间对正确比对数据进行标准化处理得到与所述样本相应的标准化数据，所述标准化数据至少包括分别与不同的预定区间相对应的探针测序深度值，预定区间为根据与不同探针分别对应的测序后得到的原始探针区间整理得到的相互之间没有重叠的区间；基因相对拷贝数参数计算部基于标准化数据，根据采用基因深度设定规则设定的与目标区域上的一个样本基因相应的基因测序深度、采用样本深度设定规则设定的与样本对应的样本测序深度，并根据基因预定计算规则，计算得到基因的基因相对拷贝数参数；外显子相对拷贝数参数计算部基于标准化数据，根据采用外显子深度设定规则设定的与外显子对应的外显子测序深度以及样本测序深度，并根据外显子预定计算规则，逐一对每个基因的各个外显子计算得到与该基因相应的各个外显子相对拷贝数参数。

本发明提供的预处理装置，还具有这样的特征：其中，基因深度设定规则为：将属于同一个基因的所有探针测序深度值中为中位数的探针测序深度值设定为该基因的基因测序深度。