[发明专利]长丝裂腹鱼微卫星位点及其引物和应用

说明书

本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，具体涉及长丝裂腹鱼微卫星位点及其引物和应用。本发明所述长丝裂腹鱼7个微卫星位点的核酸序列分别为SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:7所示。所述引物序列如SEQ ID NO:8~SEQ ID NO:21所示。本发明从长丝裂腹鱼基因组DNA中筛选7个微卫星位点，并在微卫星重复序列两端的侧翼区设计特异性引物进行扩增，获得的产物具有高度的多态性和稳定性，可用于长丝裂腹鱼的群体遗传学、亲缘关系分析、分子标记辅助育种等领域。

技术领域

本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，具体涉及长丝裂腹鱼微卫星位点及其引物和应用。

背景技术

微卫星DNA：又称为短串联重复序列或简单序列重复。它是以1～6个碱基的短核苷酸为基本单位首尾相连组成串联重复序列，由于重复次数不同以及重复程度的不完全造成了每个位点的长度多态性。由于每个微卫星两端的序列多是相对保守的单拷贝序列，可根据其两端设计一对特异性引物，通过PCR技术来扩增相应位点的微卫星序列，再经电泳分析，即可显示不同基因型个体微卫星的多态性。微卫星由于分布广泛，密度大，多态性丰富，遵循孟德尔分离定律，共显性遗传、易于PCR扩增，所需DNA数量极少，对DNA质量要求不高，结果重复性好等优点，目前已被广泛应用于遗传多样性、亲缘关系分析、连锁图谱构建、功能基因定位、分子标记辅助育种等领域。

长丝裂腹鱼Schizothorax dolichonema(Herzenstein,1889)，隶属鲤形目(Cypriniformes)鲤科(Cyprinidae)裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)裂腹鱼属(Schizothorax)，英文名longthread schizothoracin，俗称缅鱼、甲鱼等，其肉质细嫩，味道鲜美，营养丰富，是当地产区的重要经济鱼类。长丝裂腹鱼是长江上游特有鱼类，四川省重点保护种，在《中国物种红色名录》中被列为濒危种(EN)，分布于金沙江和雅砻江，是我国青藏高原特有的冷水性鱼类，通常在清澈而水流较缓的水域活动，在春季和夏季的繁殖季节集群并作短距离的生殖洄游。有关长丝裂腹鱼研究，主要集中在人工繁殖、游泳能力等方面；岳兴建发表了长丝裂腹鱼线粒体的全序列(全长16,583bp)。由于金沙江和雅砻江上梯级水电站的修建，长丝裂腹鱼栖息地片断化，过度捕捞等原因致使长丝裂腹鱼的种群数量急剧下降，因此，选用有效的微卫星标记了解长丝裂腹鱼群体遗传多样性背景，对于其资源保护和合理开发利用具有重要意义。

发明内容

本发明针对现有技术不足，目的在于提供长丝裂腹鱼微卫星位点及其引物和应用。

为实现上述发明目的，本发明采用的技术方案为：

长丝裂腹鱼的微卫星位点，其特征在于，所述微卫星位点选自：

1)核苷酸序列为SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:7中任一碱基序列；

2)与1)中所述核苷酸序列互补的碱基序列。

与上述长丝裂腹鱼微卫星位点相对应的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO:8～SEQID NO:21所示。

上述方案中，核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的微卫星位点的引物对，其上游核苷酸序列如SEQ ID NO:8所示，下游核苷酸序列如SEQ ID NO:9所示。

上述方案中，核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的微卫星位点的引物对，其上游核苷酸序列如SEQ ID NO:10所示，下游核苷酸序列如SEQ ID NO:11所示。

上述方案中，核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的微卫星位点的引物对，其上游核苷酸序列如SEQ ID NO:12所示，下游核苷酸序列如SEQ ID NO:13所示。