[发明专利]一种基于少量细胞全基因组染色质高分辨率构象技术eHi-C 2.0

说明书

本发明公开了一种基于少量细胞全基因组染色质高分辨率构象技术eHi‑C 2.0.本发明提供了一种细胞eHi‑C 2.0测序文库的制备方法为：裂解细胞得到染色质，再酶切所述染色质；将所述酶切后DNA依次经标记物标记和钝端连接，得到环化产物；向所述环化产物中引入内参环状共沉淀DNA分子；再用限制性外切酶酶切，再进行超声打断，再用免疫磁珠从打断产物中抓取带有所述标记物的DNA片段；用所述带有所述标记物的DNA片段制备eHi‑C 2.0测序文库。本发明能对数量低至0.1million细胞的进行全基因组染色质构象技术eHi‑C建库测序。

技术领域

本发明涉及基因组测序技术领域，具体涉及一种基于少量细胞的全基因组染色质构象技术eHi-C 2.0。

背景技术

三维基因组学是以研究全基因组(染色质)三维空间结构及其功能为对象的一门新兴学科[Ruan Y,2011,Science]；其研究范围涵盖了基因组的三维空间结构可视化解析及模拟，全基因组互作网络研究、染色质动态结构域、三维数据挖掘，三维结构与信号通路功能解析、关键基因或因子挖掘等重要研究内容[Schmitt A.D,Ren B,2016,NatureReviews Molecular Cell Biology]。近年来，以染色质构象捕捉技术(Chromosomeconformation capture)为基础的三维基因组学技术得到了长足的发展，可以获取从单基因位点(3C)到全基因组范围内(Hi-C)的三维基因互助及结构图谱的相关信息[Dekker J，2002，Science]，并且，这些结果通过与不同类型的生物学数据进行系统整合，可以实现基因组三维空间结构到生物体或细胞生物学特性的研究过程的融合，为系统研究三维基因组结构和生物表型数据间的联系提供了理论基础和可能，也是当前基因组学研究的热点之一[Smallwood A,Ren B,2013,Current Opinion in Cell Biology]。

当前，有关三维基因组学技术研究的进展很快，一系列以高通量测序为基础的技术已经被开发应用于这方面的研究工作，包括3C,4C,5C,Hi-C，in-situ Hi-C，Capture-C，3C-Seq，ChIP-Seq，ChIP-Loop，HiChIP，ATAC-See，Micro-C XL，ChIA-PET等；这些技术的研发及应用已经成为3D基因组研究的重要内容。在这些技术中，应用于全基因组水平上的三维基因组学技术研究成为目前的研究重点，由Job Dekker研发的Hi-C(High-throughputchromosome conformation capture)[Lieberman-Aiden E,Dekker J,2009,Science]和阮一骏教授研发的ChIA-PET(Chromatin Interaction Analysis with Paired-End TagSequencing)[Zhang Y,2013,Nature]等两大类技术因为可以用来揭示全基因组水平上的不同距离基因或转录因子与转录调控元件间的基因互作，构建染色质三维拓扑构象等用途而备受研究人员重视[Wit E.D,2012,GenesDevelopment]。