[发明专利]一种鹅星状病毒实时荧光定量PCR检测的引物和探针

说明书

本发明涉及一种鹅星状病毒实时荧光定量PCR检测的引物和探针，属于动物传染病学领域。本发明包括特异性引物和探针序列的设计、标准质粒的构建、实时荧光定量PCR扩增方法的建立和优化，样本DNA提取及结果检测判定。本发明建立的检测鹅星状病毒的实时荧光定量PCR的引物和探针的方法，在检测鹅星状病毒上灵敏度高、稳定性好、特异性强、重复性好，最低可检测15.7个拷贝，可用于检测临床样本中鹅星状病毒的感染检测。

技术领域

本发明涉及一种鹅星状病毒实时荧光定量PCR检测的引物和探针，属于动物传染病学领域。

背景技术

星状病毒属于星状病毒科(astroviridae)星状病毒属(astrovirus)，根据宿主不同分为两个属：哺乳动物星状病毒属(Mamastrovirus)和禽类星状病毒属(Avastrovirus)。禽星状病毒属现有3个属（Avastrovirus 1-3），包括鸭星状病毒(Duck astrovirus)、鸟肾炎病毒(Avian nephritisa strovirus)、火鸡星状病毒(Turkey astrovirus)等，火鸡星状病毒其代表种。星状病毒是单股正链、无囊膜的小RNA病毒，其基因组长度大约6.8kb，，从5′端至3′端共包含4部分：1个85个核苷酸的5′端非编码区、3个开放阅读框(Open readingframes, ORFs)（ORF1a、ORF1b、ORF2）、1个80个核苷酸的3′端非编码区、1个30个核苷酸的多聚腺苷酸尾巴。

鸭星状病毒是鸭病毒性肝炎（DHV）的主要致病原之一，DHV是危害养鸭业的重要传染病因其可导致雏鸭出现高死亡率，其发生常给养鸭业造成重大经济损失。DHV分为鸭甲肝病毒（DHAV）、鸭星状病毒1 型（DAst V-1）、鸭星状病毒 2 型（DAst V-2）三个血清型，三个血清型之间均没有明显的抗原交叉保护。1965年，在英国的Norfolk 首次报道发现 DHV-II（即现在所说的 DAst V-1）以来，DAst V-1在各国均未被报道，因此DAst V-1被认为仅限于在英国流行。2008 年，Fu等报道在我国发现DAstV-1，并完成了第一株DAstV-1中国分离株（C-NGB）的全基因组测序。2014 年刘宁等中国南部发现了DAst V-2。

近年来，随着检测技术的不断优化和检测领域的扩展，从人和动物中获得的新的星状病毒毒株序列与已知的星状病毒毒株序列的进化距离较远，可能还会有更多新亚型和基因型。2017年，本团队在福建某鹅养殖场送检的病料中，检测到鹅群中存在星状病毒感染（命名为鹅星状病毒GsFJ2017株，GenBank登录号为MF576430），该片段和禽星状病毒代表株（火鸡星状病毒2型）的核苷酸同源性为69.1%，和赤颈鸭（Anas penelope）星状病毒的核苷酸同源性仅为60.6%。