[发明专利]基于最短路径从全局蛋白互作网络提取子网络方法及系统

权利要求书

1.一种基于最短路径从全局蛋白互作网络中提取子网络的方法，其特征在于，包括：将目标节点两两配对并提取最短路径，将最短路径拆分得到所有蛋白互作对，通过蛋白互作对数据得到可视化的子网络。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标节点的提取方法为：从全局蛋白互作网络中任意选取感兴趣的目标节点，目标节点的数量不超过全局蛋白互作网络中节点总数。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述最短路径的提取方法为：

(1)对选取的所有目标节点进行两两配对，按照排列组合方法得到所有配对的组合；

(2)将每一种组合中涉及的两个蛋白分别作为起点和终点，计算两点之间的最短路径；

(3)每种组合中所有的最短路径全部提取。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述最短路径拆分的具体方法为：提取出的所有最短路径都拆分成蛋白两两互作的蛋白互作对，拆分后将不同最短路径中得到的重复蛋白互作对删除，即得到构成蛋白互作子网络的所有蛋白互作对。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述可视化子网络的得到方法为：将得到的蛋白互作对数据输入cytoscape软件，得到可视化的子网络图。

6.一种基于最短路径从全局蛋白互作网络中提取子网络的系统，其特征在于，包括：

最短路径提取模块，用于将目标节点两两配对并提取最短路径；

最短路径拆分模块，用于将最短路径拆分得到所有蛋白互作对；

子网络模块：用于通过蛋白互作对数据得到可视化的子网络。

7.根据权利要求6所述的系统，其特征在于，还包括目标节点选取模块，用于从全局蛋白互作网络中任意选取感兴趣的目标节点，目标节点的数量不超过全局蛋白互作网络中节点总数。

8.根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述最短路径提取模块包括：

配对单元，用于对选取的所有目标节点进行两两配对，按照排列组合方法得到所有配对的组合；

计算单元，用于将每一种组合中涉及的两个蛋白分别作为起点和终点，计算两点之间的最短路径；

提取单元，用于将每种组合中所有的最短路径全部提取。

9.根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述最短路径拆分模块包括：

拆分单元，用于将提取出的所有最短路径都拆分成蛋白两两互作的蛋白互作对；

删除单元，用于拆分后将不同最短路径中得到的重复蛋白互作对删除。

10.根据权利要求6所述的系统，其特征在于，所述子网络模块包括：

cytoscape软件单元，用于将得到的蛋白互作对数据输入cytoscape软件，得到可视化的子网络图。