[发明专利]一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法

权利要求书

1.一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)质量控制步骤；

(2)序列对比步骤；

(3)变异检测步骤；

(4)变异注释步骤；

(5)结果报告步骤。

2.如权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，所述质量控制步骤具体是：

(1.1)利用FastQC查看测序质量结果，查看序列测序得分值分布、GC分布和重复率；统计所有序列的总Total Reads，Total bases、Q20、Q30、GC含量、N字符的数量及相关比例；

(1.2)去除序列中含有的接头序列；

(1.3)对序列首尾的index或者测序质量比较差的reads进行trimming；

(1.4)利用滑动窗口，根据得分值对低质量的Reads进行过滤，如去除N或者低得分值的序列。

3.如权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，所述序列对比步骤具体是：

(2.1)通过bwtsw算法对参考基因组构建比对索引；

(2.2)通过BWA-MEM算法将目标序列比对到基因组；

(2.3)利用picard里面的MarkDuplicates去除由于PCR引入的重复序列,并利用samtools提取唯一比对上参考基因组的序列；利用GATK-RealignerTargetCreator来确定在INDEL附近需要进行重比对的区域，利用IndelRealigner在确定的区域内进行重新比对；

(2.4)对(2.3)步骤产生的比对文件的碱基质量进行重新矫正。

4.如权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，所述变异检测步骤具体是：

(3.1)本发明步骤通过采用启发式算法的varscan-somatic程序对样本进行单核苷酸突变检测。

(3.2)本发明步骤通过基于de Bruijn graph方法的Scaple程序，对序列区域进行微组装以更加高效的检测目标区域的插入缺失变异。

(3.3)本发明步骤通过Varscan的copynumber、copyCaller程序根据目标区域的测序深度差异，对样本进行拷贝数变异检测；

(3.4)本发明步骤通过factera程序根据不一致的reads clusters对样本进行基因融合检测。

5.如权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，所述变异注释步骤具体是：

(4.1)该发明步骤主要进行位置注释，确定变异位点在基因组中的相应位置，并且分析变异位点是否会造成氨基酸改变，编码蛋白的改变。

(4.2)发明步骤主要通过和目前通用的变异数据库进行比较，如和dbSNP、esp6500、exac03等数据库的变异位点进行比较，据此获得相关群体变异频率和变异位点号。

(4.3)该发明步骤主要通过和相关疾病数据库如clinvar，dbnsfp进行比对获得相关变异位点的致病可能性。

6.如权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的肺癌体细胞突变检测分析方法，其特征在于，所述结果报告分析步骤具体是：

(5.1)对测序数据比对结果进行统计，并输出图表；

(5.2)对肺癌突变热点基因的覆盖度进行统计分析，并输出图表；

(5.3)对所检测的变异位点进行统计分析，并输出图表。