[发明专利]耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、检测方法和应用

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，尤其是涉及一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、检测方法和应用。

背景技术

遗传性耳聋是指由于基因和染色体异常所致的耳聋。这种疾病是由父母的遗传物质(包括染色体及位于其中的基因)发生了改变传给后代而引起的耳聋，并且在子孙后代中以一定数量出现。据统计，在每1000个新生儿中就有一位患有先天性耳聋，其中60％以上是由遗传因素引起的。在所有耳聋病人中，遗传性耳聋约占50％。遗传性耳聋分为综合征性遗传性耳聋及非综合征性遗传性耳聋两大类。前者指除了耳聋以外，同时存在眼、骨、肾、皮肤等部位的病变，这类耳聋占遗传性聋的30％；后者只出现耳聋的症状，在遗传性聋中占70％。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。从理论上来看每一个SNP位点都可以有4种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比约为2:1。SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T，原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化，而后自发地脱氨成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP是指变异频率大于1％的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000个碱基就有一个SNP。人类基因组上的SNP总量大概是3×10⁶个。因此，SNP成为第三代遗传标志，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等都可能与SNP有关。

研究表明，遗传性耳聋与其相关基因的SNP息息相关，因此，开展对遗传性耳聋相关基因SNP的检测对耳聋的分子流行病学研究和聋儿的提前筛查具有重要的意义。

发明内容

基于此，有必要提供一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、检测方法和应用。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下。

一种耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，包括下表中组别为1～17的17组引物组合中的至少一组：

其中，每组引物组合包括PCR扩增引物对及与该PCR扩增引物对对应的测序引物。

在其中一个实施例中，所述PCR扩增引物对的每条引物的5’端还连接有保护片段。

在其中一个实施例中，所述保护片段的序列如SEQ ID NO:61所示。

在其中一个实施例中，所述耳聋相关基因SNP检测用的引物系统包括组别为1～17的共17组引物组合。

一种耳聋检测方法，使用上述任一实施例所述的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统，所述耳聋检测方法包括如下步骤：

使用所述PCR扩增引物对对基因组DNA进行PCR扩增；

使用所述测序引物对PCR扩增的产物进行单碱基延伸；

将单碱基延伸的产物与靶片的基质共结晶，并将得到的晶体置于质谱仪中，进行质谱检测。

在其中一个实施例中，所述耳聋检测方法还包括在进行所述单碱基延伸之前对PCR扩增的产物进行纯化，和/或在共结晶之前对所述单碱基延伸的产物进行脱盐处理的步骤。

上述耳聋相关基因SNP检测用的引物系统可应用在制备用于检测耳聋的试剂中，如：

一种耳聋检测试剂盒，含有上述任一实施例所述的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统。

在其中一个实施例中，所述耳聋检测试剂盒还包括DNA提取试剂、PCR扩增试剂、PCR产物纯化试剂、单碱基延伸试剂和延伸产物纯化试剂中的至少一种。

在其中一个实施例中，所述耳聋检测试剂盒还包括阳性对照试剂和阴性对照试剂。

本发明的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、试剂盒等可用于MASSARRAY SNP检测系统，利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI—TOF MS)技术进行基因SNP的检测。上述引物系统可以各组引物分开使用以检测单一SNP位点的突变情况，也可以组合使用以同时检测多个SNP位点的突变情况，并且上述引物系统在组合使用时，各组之间不存在相互干扰，可以一次性同时检测多个SNP位点，检测通量高、速度快。

利用本发明的耳聋相关基因SNP检测用的引物系统、试剂盒及检测方法可广泛用于遗传性耳聋的基因突变情况的检测分析过程中，尤其是中国遗传性非综合征型耳聋人群，速度快并且节约时间，有助于及早发现携带耳聋基因突变的患儿(包括迟发性听力缺陷患儿)，为后期的诊断及治疗提供科学依据，有助于及时采取干预措施预防言语障碍的发生，有效地降低聋哑发病率。

附图说明