[发明专利]检测核酸差异的探针形式

说明书

本发明涉及检测核酸差异的探针形式。本发明尤其提供了用于检测靶核酸序列的存在或不存在的新探针、方法、反应混合物和试剂盒。

本申请是申请日为2010年8月13日的中国专利申请201080036004.5“检测核酸差异的探针形式”的分案申请。

技术领域

本申请涉及核酸检测领域。

背景技术

单核苷酸多态性（SNP）是在基因组DNA序列的特定位置上的单个碱基对突变。SNPs负责2个个体之间的大多数DNA变异。SNPs可以使个体倾向于发展发展特定疾病或差异地响应药物。因此，SNPs的检测可以用于监控遗传状况。

基因变异和突变也在病原体例如病毒和细菌中发生。基因变异和突变的检测可以用于区分病原体，并且在某些情况下，可以帮助预测预后和治疗过程。单碱基突变也在体细胞中例如在癌症发展和进展过程中发生。检测这些突变有助于预测对治疗的应答。

发明内容

本发明提供了检测生物学样品中靶核酸序列的存在或不存在的方法。在某些实施方案中，该方法包括：

a. 使包含锚定物（anchor）核酸结构域和报道物（reporter）核酸结构域的可检测标记的探针与样品接触；和

b. 检测探针与靶核酸的结合的存在或不存在，

其中锚定物结构域和报道物结构域通过非核苷接头连接，并且锚定物结构域和报道物结构域在不存在靶核酸的情况下都不形成茎环；

和其中

（i）探针是不可通过聚合酶延伸的；

（ii）接头在锚定物结构域的3'末端的2个核苷酸内与锚定物结构域连接，并且接头在报道物结构域的5'末端的2个核苷酸内与报道物结构域连接，其中锚定物结构域不与可检测标记连接；和/或

（iii）锚定物结构域和报道物结构域各自包含与靶核酸的相同链互补的至少6个核苷酸的邻接序列。

在某些实施方案中，探针是不可通过聚合酶延伸的。

在某些实施方案中，接头在锚定物结构域的3'末端的2个核苷酸内与锚定物结构域连接，并且接头在报道物结构域的5'末端的2个核苷酸内与报道物结构域连接，其中锚定物结构域不与可检测标记连接。

在某些实施方案中，锚定物结构域和报道物结构域各自包含与靶核酸的相同链互补的至少10个核苷酸的邻接序列。

在某些实施方案中，检测步骤包含测量在报道物结构域和靶核酸之间形成的复合物的解链温度。

在某些实施方案中，报道物结构域的长度是4 – 20个核苷酸。在某些实施方案中，报道物结构域的长度是6 – 12个核苷酸。

在某些实施方案中，锚定区是6 – 40个核苷酸。

在某些实施方案中，标记是荧光标记。在某些实施方案中，该方法进一步包括使探针和样品与可溶性嵌入猝灭剂接触，从而使得当报道物结构域与靶核酸形成复合物时，猝灭剂改变来自标记的荧光。

在某些实施方案中，靶核酸是病毒或微生物核酸。在某些实施方案中，靶核酸是人核酸。在某些实施方案中，人核酸包含单核苷酸多态性（SNP）或突变，并且报道物结构域与SNP或突变的一个等位基因100％互补。

在某些实施方案中，探针包含至少一个非天然核苷酸，其中与代替非天然核苷酸的相应天然核苷酸比较，非天然核苷酸增加报道物结构域的解链温度。

在某些实施方案中，接头是聚乙二醇。在某些实施方案中，接头是六甘醇(hexa-ethylene glycol)。