[发明专利]一种与原发性肝癌易感性相关的SNP位点rs2235546及其应用

说明书

本发明公开了一种与原发性肝癌易感性相关的SNP位点rs2235546及其应用。本发明通过设计PCR扩增引物和荧光探针来特异性检测rs2235546位点的基因型，从而进行原发性肝癌易感性评估。所述PCR扩增引物和荧光探针的序列依次如SEQ ID NO：2～5所示；所述检测的方法为：S1.提取待测样本基因组DNA；S2.以步骤S1所述DNA为模板，用上述引物组进行荧光定量PCR检测，确定prs2235546位点的基因型。本发明的引物组和检测方法简单、快速、高通量、高敏感、特异性强，适用于肝癌（HCC）易感人群的大规模筛查，并为基因治疗提供潜在的靶标，有利于指导HCC的预防和治疗，具有较大的应用前景。

技术领域

本发明属于生物技术领域。更具体地，涉及一种与原发性肝癌易感性相关的SNP位点rs2235546及其应用。

背景技术

肝癌就世界范围而言，东南亚和东南非洲为高发区，而北欧和英美地区发病率低。我国是肝癌高发区，东南沿海地区发病率高于内陆地区，原发性肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma，HCC)占我国肝癌的90％。据卫生部新近统计资料，自90年代以来，国人肝癌的发病率已由恶性肿瘤的第三位升至第二位，在城市仅次于肺癌，在农村仅次于胃癌。全球每年有63万患者，超过一半发生在中国。肝癌的高发年龄为35～60岁，男性多于女性，男女之比为2～5：1。发病率越高的地区，男性患者所占比例越高。严重威胁人民群众的身体健康，因此也是我国重点研究的课题之一。

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指一类基于单碱基变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基转换、颠换，以及单碱基的插入/缺失等。SNP是基因组最广泛存在的一类多态性标记，它以高密度以及二态性所适宜的快速、大规模的筛查和易于分型的特点决定了它比其他多态性标志更适合对复杂性疾病的研究。证据表明，SNP作为第三代遗传标记，对疾病、毒物的易感性和耐受性、疾病临床表型的多样性，以及对药物治疗的反应性都有着重要的影响。目前常规用于疾病易感基因变异的主要检测方法包括PCR-限制性片段长度多态性法(RFLP)和实时荧光定量PCR法。RFLP法的原理是当突变影响到某一限制性内切酶的酶切位点时，可通过酶切处理患者的PCR产物继而电泳检测是否有突变。但这种方法存在耗时长、操作繁琐等缺点。而应用于SNP检测的实时荧光定量PCR技术，实现了PCR从定性到定量的飞跃，还实现了判断结果的自动性。可利用荧光定量PCR技术研发快速检测疾病易感性的试剂盒。

目前所知，肝癌形成是一个多基因和多步骤的过程，涉及到染色体1p，4q，8p，8q，10q，11p，13q，15q，16p，17p，19p和22q等染色体畸变(chromosomal aberrations)，导致控制细胞生长或抑制的一些基因功能发生改变。

组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶1(Lysine specific demethylase 1，LSD1)的发现，表明组蛋白的甲基化修饰是一个动态可调节的过程。LSD1位于染色体1p36.12上，也叫KDM1。结构分析显示，LSD1是一个黄素腺嘌呤二核苷酸(Flavin adenine dinulcleotide，FAD)依赖性胺氧化酶，它能够特异性脱去组蛋白H3第4位赖氨酸(H3K4)和第9位赖氨酸(H3K9)位点上的甲基基团。功能研究显示，LSD1定位于细胞核内，调控着基因转录的激活和抑制，被誉为细胞深处的基因“开关”，在胚胎发育和肿瘤发生过程中起着重要的作用。

目前，还尚未有关于LSD1基因上多态性位点与原发性肝癌的相关性以及针对具体SNP的检测方法和检测试剂盒的报道。若能通过找寻LSD1基因上的多态位点来进行肝癌(HCC)易感人群的大规模筛查，将对基于遗传学背景的个体化治疗具有重要意义。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是克服现有技术中肝癌(HCC)易感人群筛查存在的缺陷和不足，提供一种与原发性肝癌易感性相关的SNP位点rs2235546及其相关检测方法和应用。