[发明专利]一种基于密码子模板的真核生物功能基因序列搜索方法

权利要求书

1.一种基于密码子模板的真核生物功能基因序列搜索方法，其特征在于，通过蛋白质反推出mRNA，然后利用mRNA在生物全基因组序列中寻找出负责调控蛋白质合成的基因序列；

在已知蛋白质氨基酸的构成和顺序的基础上，利用氨基酸密码子表，反推出mRNA，完成对mRNA的复原；

在mRNA的复原过程中，对氨基酸密码子表做以下处理：

令X＝{U，C，A，G}，X是U，C，A，G四个碱基中的任意一个；同理，令Y＝{U，C}，Z＝{A，G}，Y是U，C两个碱基中的任意一个，Z是A，G两个碱基中的任意一个；精简mRNA的编码形式；

利用mRNA寻找DNA序列中蛋白质调控基因的过程，具体步骤如下：

步骤1，取一条mRNA序列与DNA序列从头开始做比对；

步骤2，在DNA序列中所有与mRNA序列重合的部分中，选取最长的那一条，作为蛋白质调控基因中第一个外显子的序列，并且将mRNA序列中相应的部分截断去除；

步骤3，在DNA序列中，从第一个外显子之后的位置开始，继续按照步骤1、步骤2移动比对，直到找到所有外显子；

步骤4，从第一个外显子至最后一个外显子的DNA序列，即为所求的蛋白质调控基因。

2.如权利要求1所述的一种基于密码子模板的真核生物功能基因序列搜索方法，其特征在于，所述步骤1中，如果mRNA的第一个碱基与DNA的第一位碱基不匹配，则将mRNA序列沿着DNA序列后移一位，然后比对；如果mRNA序列与DNA序列从第一位碱基开始匹配，则顺次比较下一位碱基，直到碱基无法比对上为止；记录下DNA序列中该段匹配的序列；然后将mRNA后移至不匹配的那个碱基，继续以上比对过程，无论长短记录下DNA序列中与mRNA序列从首位置开始重合的部分。