[发明专利]与陆地棉子指相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供与陆地棉子指相关的SNP分子标记及其应用，属于植物分子生物学领域。本发明的与陆地棉子指相关的SNP分子标记共119个，这些标记位点具有SEQ ID NO.1‑119所示的DNA序列，这些SNP分子标记单独或任两个或多个组合应用均可用于棉花子指的早期预测和高产棉花品种资源的鉴定，还可用于棉花遗传背景分析和筛选，以及高产棉花品种的选育，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明涉及植物分子生物学，生物信息学和植物分子育种领域，具体地，涉及与陆地棉子指相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

棉花不仅是最重要的纤维作物，还是重要的经济作物，其生产对全球经济有着巨大的影响。全球约1亿个家庭从事与棉花相关的产业，每年产值逾千亿美元。中国是全球最大的皮棉生产国与消费国。产量是棉花的重要经济性状，同时也是典型的数量性状。子指是棉花产量的主要组分之一。子指高低受多种因素影响，但自身遗传因素是主要的决定因素。

全基因组关联分析(Genome-wide association study，GWAS)是一种对全基因组范围内的常见遗传变异(单核苷酸多态性和拷贝数)基因总体关联分析的方法，该方法以自然群体为研究对象，以长期重组后保留下来的基因(位点)间连锁不平衡(linkagedisequilibrium,LD)为基础，将目标性状表型的多样性与基因(或标记位点)的多态性结合起来分析，可直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。在全基因组范围内进行整体研究，能够一次性对优良性状进行轮廓性概览，适用于挖掘优良性状等的研究。

分子标记技术(Molecular marker technologies)是分子育种中的重要工具。近年来，随着棉花二倍体、四倍体全基因组测序的完成和高通量DNA测序技术的突飞猛进，申请人已成功完成了419份棉花核心种质资源的重测序。通过生物信息学进行数据分析比对，获得大量高质量的SNPs，这些SNPs可用于单体型图谱、遗传图谱、关联性图谱、指纹图谱的构建，为分子育种、系统进化、种质资源鉴定提供重要保障。本发明利用全基因组关联分析定位了与陆地棉子指关联的一批(SNP)分子标记，为分子标记辅助选择及聚合育种改良棉花品质奠定基础。

发明内容

本发明的目的在于提供与陆地棉子指相关的SNP分子标记及其在分子育种中的应用。

本发明提供的与陆地棉子指相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1-119任一个所示。

上述SNP分子标记其SNP位点位于SEQ ID NO.1-119任一个核苷酸序列的第50位碱基。本发明119个SNP分子标记的信息见表1。

表1 与陆地棉子指关联的SNP标记

含有上述SNP分子标记的基因芯片属于本发明的保护范围。

本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在棉花子指的早期预测中的应用。

本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在高产棉花早期预测中的应用。

本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在棉花种质资源改良中的应用。

本发明还提供了与陆地棉子指相关的SNP分子标记组合，其为含有核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-119任二个或多个所示的SNP分子标记，其SNP位点均位于SEQ ID NO.1-119任一个核苷酸序列的第50位碱基。

本发明提供了含有上述SNP分子标记组合的基因芯片。