[发明专利]基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统及其方法

权利要求书

1.一种基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统，其特征在于：包括

项目管理模块，用于对项目信息进行查看和管理，通过项目、任务、应用和文件对所有状态的分析项目进行综合管理；

基础分析任务提交模块，用于设置基础参数运行任务，并将结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件，基础参数运行任务包括测序数据质控、转录组拼接、基因功能注释、表达量分析和基因结构分析；

交互式结果分析模块，用于根据用户请求生成分析结果，并将结果可视化展示，包括高级生物信息学分析和个性化生物信息学分析；

所述项目管理模块通过基础分析任务提交模块与交互式结果分析模块相连接。

2.根据权利要求1所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统，其特征在于，所述交互式结果分析模块中高级生物信息学分析和个性化生物信息学分析，包括基因共表达网络构建、Ipath整合分析、蛋白互作网络分析、转录因子分析、模式物种同源注释分析、基于时间序列的基因表达分析、利用转录组数据构建系统发育树、近缘物种直系同源分析、Divergent同源基因GO/KEGG分析、Conserved同源基因GO/KEGG分析、GO分类水平的选择压力分析、树假设检验分析。

3.一种如权利要求1所述基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统的分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1，创建项目；

步骤2，向本地集群服务器上传测序数据，在项目管理模块中建立项目，在该项目管理模块中可以进行项目锁定或者共享给他人操作；

步骤3，建立任务；

步骤4，在基础分析任务提交模块中，用户可以通过可视化界面对测序数据进行参数分析，分析之后产生项目文件；分析之前，先进行判定数据质控是否合格，若合格则进行参数分析；若不合格则直接返回报错；参数分析包括测序数据质控、转录组拼接、基因功能注释、表达量分析和基因结构分析；

步骤5，产生的项目文件传送至交互式结果分析模块中进行交互式分析，根据用户需求对项目文件进行二次分析和统计，得到直观呈现的报告，包括高级生物信息学分析和个性化生物信息学分析。

4.根据权利要求2所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析方法，其特征在于，所述项目管理模块，还可用于查看和管理上传的相关文件或由分析产生的相关文件，可对相关文件进行上传、查找、复制、移动、删除和下载操作；项目管理模块还用于标记项目状态进度，项目状态进度可为未开始、进行中、已完成、已终止和问题；项目管理模块还用于查看任务运行的状态与日志信息；且项目管理模块，还用于共享项目，并管理成员权限。

5.根据权利要求2所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析方法，其特征在于，所述交互式结果分析模块包括图表工具，可实现更改颜色方案、形状方案、柱形方向；可实现显示图例、点名称以及合并或排序功能；交互式结果分析模块分析结果可存入报告，在报告中展示；交互式结果分析模块分析结果图可以PNG、JPEG、PDF、SVG格式下载；交互式结果分析模块的报告格式可为html和pdf。

6.根据权利要求2所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析方法，其特征在于，所述项目管理模块、基础分析任务提交模块和交互式结果分析模块的操作均基于html+Css+jquery的前端页面和PHP+Alpha的服务器后台，交互分析模块接收到任务执行命令后调动Perl、C、python、R等计算机语言的服务器端脚本对测序数据进行基本分析。

7.根据权利要求2所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析方法，其特征在于，所述基础分析任务提交模块在对所述测序数据进行分析的不同阶段，从其存储的分析软件中选取相应的分析软件对所述测序数据进行分析。