[发明专利]检测HIV-1耐药突变位点的成套引物及其应用

说明书

本发明属于基因检测领域，提供了一种检测HIV‑1耐药突变位点的成套引物，包括序列表中SEQ ID No.1至SEQ ID No.5所示的核苷酸序列。本发明还提供了上述检测HIV‑1耐药突变位点的成套引物的应用。本发明可以只需一轮PCR反应即可扩增出大于1000拷贝每毫升的HIV‑1 pol区基因序列，减少了工作强度，降低了污染的机率，同时扩增出的片段覆盖的耐药突变位点的范围广泛，适用于我国主要HIV‑1流行亚型的耐药突变位点检测。

技术领域

本发明属于基因检测领域，特别涉及一种检测HIV-1耐药突变位点的成套引物及其应用。

背景技术

艾滋病(AIDS)最早在美国同性恋人群中发现，1981年加州大学洛杉矶分校的Michelael D.Gottlieb医生发现了这种奇怪的免疫缺陷现象。在之后1983年，法国巴斯德研究院最终确认了这种疾病的元凶是人类免疫缺陷病毒(HIV)。在之后的30多年里，艾滋病在全球迅速蔓延，据世界卫生组织的数据：艾滋病毒迄今已造成3500多万例死亡。到2015年底，约有3670万(3400-3980万)名艾滋病毒携带者。2015年，全球有约210万(180-240万)人新感染艾滋病毒。中国自1985年发现第一例HIV感染病例以来，感染人数每年增长，流行发展的趋势严峻。根据中国疾病预防控制中心的数据，截至2016年9月，我国报告现存活艾滋病病毒感染者和病人65.4万例，累计死亡20.1万例。

人类免疫缺陷病毒(HIV)具有高度的基因变异性，根据其基因序列的差异，将其分为HIV-1型和HIV-2型。目前世界范围内流行的主要为HIV-1型。HIV-1又进一步分为3个组：M组、O组和N组。M组内又可分为A-D，F-H和J、K共9个基因亚型，另外还有88个以上流行重组型(CRF)。2006－2007年第三次全国HIV-1分子流行病学调查结果显示，我国存在至少12种HIV-1基因型，已经成为全球HIV-1基因亚型最多的国家。我国HIV-1流行的亚型主要有CRF07_BC(35.5％)、CRF01_AE(27.6％)、CRF08_BC(20.1％)和B’(9.6％)，占HIV感染者总数的92.8％。

自从1987年第一个抗艾滋病药物齐多夫定(AZT)上市以来，抗艾滋病药物的研究突飞猛进，目前美国FDA网站上公布的抗艾滋病药物主要有6大类、35个品种。抗艾滋病药物主要包括核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、融合抑制剂、CCR5拮抗剂、整合酶抑制剂。我国自2003年以来实行“四免一关怀”政策，对艾滋病患者开展广泛的抗病毒治疗，截止2016年底，进行抗病毒治疗的人数已经达到48.9万。然而由于HIV病毒容易产生变异，并最终造成蛋白位点发生变化，使艾滋病药物失去靶点，在病人体内产生耐药，造成治疗失败。为了提高治疗的效果，防止耐药株的传播，因此有必要对治疗人群及新发感染者进行耐药的检测。这对于减缓耐药病毒株的产生及传播，以及指导患者个体化临床用药有着重要的意义。

目前HIV-1耐药的检测有两种类型，一种是表型检测，另外一种是基因型检测。表型检测是利用细胞培养的方法进行病毒培养，然后通过不同药物与病毒共培养，观察计算抑制的效率，得出病毒是否耐药的结果。但是此方法成本高昂，对实验室和人员的要求较高，难以对多个耐药突变进行评估，耗时长，劳动量大，对混合型检测灵敏度低，所以目前只限于基础研究使用。

基因型检测是采用PCR扩增测序的方法，对耐药突变位点进行分析，最终得出耐药报告。基因型检测依赖于表型检测的数据，对HIV的基因序列进行分析。它同时检测多种耐药突变，也可以检测出潜在突变点，可以预测多个耐药突变造成的影响，检测的速度快，成本低。是目前在实验室使用最为广泛的检测方法。