[发明专利]一种检测黄瓜花叶病毒的LAMP引物组、试剂盒及检测方法在审
申请号: | 201710590061.1 | 申请日: | 2017-07-19 |
公开(公告)号: | CN107177700A | 公开(公告)日: | 2017-09-19 |
发明(设计)人: | 赵凯;蔡友铭;张永春;范小瑞;赵笑;杨丹;梁洁玲;杜亚楠;赵庆;史斌;赵桓震;赵斌安;潘磊;张琪;张晓霞 | 申请(专利权)人: | 上海市农业科学院 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/68;C12N15/11;C12R1/94 |
代理公司: | 上海开祺知识产权代理有限公司31114 | 代理人: | 张晓敏,费开逵 |
地址: | 201106 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 检测 黄瓜花叶病毒 lamp 引物 试剂盒 方法 | ||
1.一种用于检测黄瓜花叶病毒的LAMP引物组,其包括外引物F3和B3,内引物FIP和BIP,从5'端到3'端,具体序列如下:
F3:5'-CCACCCAACCTTTGTAGG-3';
B3:5'-CGGCAAAGGATTAACTCGA-3';
FIP:5'-GTCTATTTTTGGTGGCTTTAGGGTTTTTGAGTGAACGCTGTAAACCT-3';
BIP:5'-CGTGGGTCTTATTATGGTAAAAGGTTTTTATTTGAATGCGCGAAACA-3'。
2.一种包含权利要求1所述LAMP引物组的黄瓜花叶病毒的LAMP检测试剂盒。
3.根据权利要求2所述黄瓜花叶病毒的LAMP检测试剂盒,其特征在于,其包含LAMP反应体系,该LAMP反应体系包括:内引物FIP、内引物BIP、外引物F3、外引物B3、10×buffer、Mg2+、dNTPs、甜菜碱和Bst DNA聚合酶,其中,内引物与外引物的浓度之比为8-16:1。
4.根据权利要求3所述黄瓜花叶病毒的LAMP检测试剂盒,其特征在于,所述的LAMP反应体系中,各成分的终浓度为:内引物FIP 0.8-1.6μM,内引物BIP 0.8-1.6μM,外引物F3 0.1-0.2μM,外引物B3 0.1-0.2μM,Mg2+1.0-2.0mM,dNTPs 0.2-0.3mM,甜菜碱0.6-1.0M,Bst DNA聚合酶0.26-0.38U/μL,其中,内引物与外引物的浓度比为8-16:1。
5.根据权利要求3所述黄瓜花叶病毒的LAMP检测试剂盒,其特征在于,LAMP反应体系中,各成分的终浓度为:内引物FIP:1.2-1.6μM,内引物BIP:1.2-1.6μM,外引物F3:0.12-0.2μM,外引物B3:0.12-0.2μM,Mg2+1.3-1.7mM,dNTPs 0.25-0.3mM,甜菜碱0.6-0.8M,Bst DNA聚合酶0.32-0.38U/μL,其中,内引物与外引物的浓度比为8-16:1。
6.根据权利要求3所述黄瓜花叶病毒的LAMP检测试剂盒,其特征在于,LAMP反应体系中,各成分的终浓度为:内引物FIP 1.6μM,内引物BIP 1.6μM,外引物F3 0.2μM,外引物B3 0.2μM,Mg2+1.5mM,dNTPs 0.3mM,甜菜碱0.6M,Bst酶0.38U/μL。
7.一种黄瓜花叶病毒的LAMP快速检测方法,包括以下步骤:
1)提取待测样品RNA,将总RNA的50ng-5μg用全式基因逆转录试剂盒进行逆转录,获得cDNA;
2)配制LAMP反应体系;
以ddH2O为阴性对照,以包含黄瓜花叶病毒目的序列的质粒为阳性对照,配制LAMP反应体系;
所述LAMP反应体系中,各成分的终浓度为:内引物FIP 0.8-1.6μM,内引物BIP 0.8-1.6μM,外引物F3 0.1-0.2μM,外引物B3 0.1-0.2μM,10×buffer,MgCl2 1.0-2.0mM,dNTPs 0.2-0.3mM,甜菜碱0.6-1M,Bst DNA聚合酶0.26-0.38U/μL,逆转录得到的cDNA模板1μL,其中,内引物与外引物的浓度比为8-16:1;
3)进行LAMP扩增反应
LAMP扩增反应程序为:55-63℃30-60min,80-85℃3-5min;
4)鉴定扩增结果
步骤3)LAMP扩增反应结束后,向扩增产物中加入显色剂SYBR Green I染料,观察颜色变化:显色为绿色的样品为阳性,含有黄瓜花叶病毒;显色为橘色的样品为阴性,不含黄瓜花叶病毒;
或者取LAMP扩增产物,在Goldview染色的琼脂糖凝胶上进行电泳,在凝胶成像仪器的紫外光下显影观察,若出现特征性的梯状条带则样品为阳性,含有黄瓜花叶病毒;若无条带出现则样品为阴性,不含黄瓜花叶病毒。
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