[发明专利]一种划分玉米优势群体的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明属于分子生物学技术领域，公开了一种划分玉米优势群体的SNP分子标记及其应用。所述分子标记包括101个SNP标记，覆盖了玉米10条染色体，其中第1号染色体有22个，第2号染色体有13个，第3号染色体有3个，第4号染色体有9个，第5号染色体有6个，第6号染色体有5个，第7号染色体有22个，第8号染色体有8个，第9号染色体有5个，第10号染色体有8个。目前可以用于划分杂种有SNP标记数量在56k‑1k范围内，数量多、成本高，本发明仅利用101个SNP进行杂种优势群的划分，其效果与利用56K玉米SNP芯片划分结果相同。利用本发明公布的方法进行杂种优势群划分能够降低检测成本。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种划分玉米优势群体的SNP分子标记及其应用。

背景技术

玉米是典型的异交作物表现极端的近交衰退和杂种优势。杂种优势利用是大幅度提高玉米产量和改良品质的有效途径。合理划分自交系优势类群是构建玉米杂种优势利用模式，有效指导玉米自交系的选育和提高组配玉米杂交种效率的重要基础性研究。

随着基因芯片技术和测序技术的发展，SNP标记成为继RFLP和SSR之后最有前途的第三代分子标记。目前在玉米中应用比较广泛的SNP芯片有56k、1k左右等不同密度的SNP位点，它们可以用来鉴定不同玉米材料的品种真实性和划分杂种优势群。研究发现利用56kSNP芯片对367份自交系进行基因型检测，经质量控制，得到了41819个高质量的SNP位点杂种优势群的划分，结果分别为瑞德群，温热带群，P群，TSPT群，兰卡斯特群。利用1031个SNP标记的基于Neighbor-joining(NJ)聚类分析的方法将39份甜玉米自交系划分为5个类群，分别为华珍母本群、京甜糯2群、彩甜糯群、温带种质群和华珍父本群。还有研究发现在数据库上筛选了48个玉米核心SNP位点对105份自交系进行基因分型数据信息分析，得到42个高质量的SNP位点，且利用这些位点得到的基因分型数据信息可以将105份自交系材料区分开。这些研究表明了利用不同密度SNP标记在玉米种质资源遗传多样性分析和杂种优势群划分上的可行性。

然而，上述研究中采用的SNP标记数量在56k-1k范围内，数量多、成本高，目前市场上未见到用几百个SNP分子标记对玉米优势群体进行划分的研究。

发明内容

本发明提供的一种划分玉米优势群体的SNP分子标记及其应用，利用101个SNP分子标记对玉米优势群体进行划分，成本低。

本发明的第一个目的是提供一种划分玉米优势群体的SNP分子标记，所述分子标记包括101个SNP标记，覆盖了玉米10条染色体，其中第1号染色体有22个，第2号染色体有13个，第3号染色体有3个，第4号染色体有9个，第5号染色体有6个，第6号染色体有5个，第7号染色体有22个，第8号染色体有8个，第9号染色体有5个，第10号染色体有8个，具体101个SNP标记的基因型信息见下表：

表101个SNP的基因型信息

本发明的第二个目的是提供一种上述的划分玉米优势群体的SNP分子标记，在辽宁省常用玉米自交系杂种优势群体划分中的应用。

本发明的第三个目的是提供一种上述的划分玉米优势群体的SNP分子标记，在玉米分子标记辅助育种中的应用。

与现有技术相比，本发明提供的一种划分玉米优势群体的SNP分子标记及其应用，具有以下有益效果：