[发明专利]凡纳滨对虾功能基因EST-SSR标记及其特异性引物和检测方法

说明书

本发明公开了一种凡纳滨对虾功能基因EST‑SSR标记及其特异性引物和检测方法。本发明的EST‑SSR标记编号分别为Lv‑F008、Lv‑F010、Lv‑F014、Lv‑F016、Lv‑F028、Lv‑F032、Lv‑F047和Lv‑F056。本发明获得的8个EST‑SSR标记的等位基因数分别为4、3、5、6、5、7、3和10个，观测杂合度、期望杂合度和PIC值均大于0.5，说明这8个EST‑SSR标记均具有高度多态性，可用于凡纳滨对虾种质资源的遗传结构和遗传多样性分析、分子指纹图谱构建和分子标记辅助育种。

技术领域：

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及凡纳滨对虾功能基因EST-SSR标记及其特异性引物和检测方法。

背景技术：

微卫星(microsatellite)，又称简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)或短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)，为共显性标记，具有多态性丰富、重复性好、遗传稳定和可检测杂合子等优点，弥补了扩增片段长度多态性(amplified fragmentlength polymorphism,AFLP)和随机扩增多态性(random amplified polymorphic DNA,RAPD)等技术的不足，是目前在水产养殖动物种群遗传结构研究和遗传育种领域应用较广泛的分子标记技术。随着功能基因组学的发展，表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)成为开发SSR标记的重要资源。EST-SSR作为一种新型分子标记，除具有传统SSR标记的优点外，因其反映的是转录区的差异，其多态性可能与基因功能直接相关。因此，与传统的SSR标记相比，EST-SSR标记在分子标记辅助选择育种领域具有更高的应用价值。

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)俗称南美白对虾，是全世界产量最大的养殖对虾。在我国，凡纳滨对虾养殖区域遍布于全国沿海的海水养殖区和内陆的淡水养殖区，是我国水产养殖的支柱性产业。迄今为止，凡纳滨对虾EST-SSR标记的开发较少，与功能基因相关联的EST-SSR标记的开发则更少，仅在凡纳滨对虾渗透压调节相关功能基因中筛选到5个EST-SSR标记。本发明基于转录组测序获得的凡纳滨对虾EST序列，利用渗透压调节相关功能基因之外的其他功能基因的EST序列进行EST-SSR标记的开发，从而为凡纳滨对虾遗传多样性研究、遗传图谱构建和进化分析奠定基础，同时为凡纳滨对虾分子标记辅助育种提供有价值的分子标记。

发明内容：

本发明的目的在于克服现有技术中的不足，提供一种凡纳滨对虾功能基因EST-SSR标记及其特异性引物和检测方法。为凡纳滨对虾遗传关系分析及分子标记辅助育种提供有价值的分子标记。

本发明的第一个目的是提供一种凡纳滨对虾功能基因EST-SSR标记，所述的EST-SSR标记编号分别为Lv-F008、Lv-F010、Lv-F014、Lv-F016、Lv-F028、Lv-F032、Lv-F047和Lv-F056；

所述的Lv-F008的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；

所述的Lv-F010的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；

所述的Lv-F014的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；

所述的Lv-F016的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；

所述的Lv-F028的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；

所述的Lv-F032的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；

所述的Lv-F047的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；

所述的Lv-F056的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示。