[发明专利]用于诊断、预测肝癌疗效和预后的基因甲基化面板

说明书

本发明公开了一种用于诊断、预测肝癌疗效和预后的基因甲基化面板及检测方法。该甲基化面板共包含18个基因，通过检测患者血浆中BMPR1A，PSD4，ARHGAP25，KLF3，PLAC8，ATXN1，CHR6:170，CHR6:3，ATAD2，CHR8:20共10个基因甲基化水平的改变，用于肝癌的诊断和疗效预测；通过检测患者血浆中SH3PXD2A，C11ORF9，PPFIA1，CHR17:78，SERPINB5，NOTCH3，GRHL2，TMEM8B共8个基因甲基化水平的改变，用于预测肝癌患者的预后和死亡风险。通过上述技术方案，提高了通过肝癌患者血液诊断和预后预测的准确性。

技术领域

本发明涉及基因表观遗传学技术领域，尤其是一种用于诊断、预测肝癌疗效和预后的基因甲基化面板，以及利用该基因甲基化面板诊断肝癌、预测疗效和复发情况，以及预测肝癌预后和死亡风险的方法。

背景技术

肝细胞肝癌(Hepatocellular Carcinoma，HCC)是我国常见恶性肿瘤之一。由于肝癌起病隐匿，早期没有症状，且多数患者缺乏普查意识，往往出现症状才到医院就诊而被诊断为晚期肝癌，而晚期肝癌治疗效果很不理想，平均生存期一般只有3-6个月。对于肝癌患者而言，如果早期发现和诊断肝癌，就更有可能接受根治性治疗(手术、消融等)，其治疗效果和预后均明显优于晚期肝癌。因此，肝癌的早期诊断意义非常重大。

正常生理条件下，人体血循环中存在由凋亡和坏死的细胞释放的游离DNA(cellfree DNA，cfDNA)，肿瘤患者的血循环中还可检测到游离循环肿瘤DNA(circulating tumorDNA,ctDNA)，由于ctDNA携带有与原发肿瘤组织相一致的分子遗传学改变，并且能全面的反映患者体内肿瘤细胞的遗传信息和演变进程，可以作为理想的肿瘤标志物，用于肿瘤的诊断、分子分型、疗效评价和追踪以及预后评估。

肿瘤细胞中的遗传学异常表现多样且存在明显的个体性，包括突变(Mutation)，拷贝数变异(Copy-number variation)，微卫星不稳定(Microsatellite Instability)，杂合性缺失(Loss of Heterozygosity)等。这些异常不仅在不同肿瘤之间差异很大，即使在同一肿瘤的不同患者之间也具有高度的个体异质性(Individual Heterogeneity)，使得在ctDNA中检测这些改变和结果分析异常复杂。与此相比，在多种肿瘤的ctDNA中可检测到相似的甲基化改变，而同一类型肿瘤ctDNA的甲基化谱则更为稳定和一致。随着甲基化特异性PCR、二代测序(next-generation sequencing，NGS)等技术的飞速发展，使得高通量、准确、相对廉价的DNA甲基化谱检测成为可能，也促使ctDNA甲基化谱的检测日益成为目前液体活检技术的热点之一，可以准确筛查早期或超早期癌症，有助于癌症的早期诊断、早期评估、早期预防、早期治疗。

发明内容

本发明公开了一种用于诊断、预测肝癌疗效和预后的基因甲基化面板，以及利用该面板诊断肝癌、预测疗效和复发情况，以及预测肝癌预后和死亡风险的方法

第一个方面，本发明提供一种用于诊断、预测肝癌疗效和预后的基因甲基化面板，所述基因甲基化面板包括第一组甲基化基因和第二组甲基化基因，所述第一组甲基化基因包括BMPR1A，PSD4，ARHGAP25，KLF3，PLAC8，ATXN1，CHR6:170，CHR6:3，ATAD2和CHR8:20，所述第二组甲基化基因包括SH3PXD2A，C11ORF9，PPFIA1，CHR17:78，SERPINB5，NOTCH3，GRHL2和TMEM8B。

进一步地，所述基因甲基化面板测定肝癌患者血浆中的BMPR1A，PSD4，ARHGAP25，KLF3，PLAC8，ATXN1，CHR6:170，CHR6:3，ATAD2和CHR8:20的甲基化水平改变，以诊断肝癌和预测肝癌的治疗疗效、预测肝癌复发。