[发明专利]黄瓜雄性不育基因、分子标记、筛选方法及其用途

权利要求书

1.一种定位黄瓜雄性不育基因的方法，所述方法包括以下步骤：

（1）配置群体：将植物雄性不育系作为母本与可育远缘品种为父本进行杂交，得到杂种F1，由杂种F1自交得到F2代分离群体，F2代分离群体中存在雄性可育和雄性不育两种表型；

（2）建库测序：提取母本、父本、F2代中可育单株和不育单株的基因组DNA并分别混合形成4个混池即母本池、父本池、可育池及不育池，对各混池的基因组DNA进行双末端测序，对测序得到的读段用BWA软件与正常黄瓜基因组比对，基于比对的结果，使用GATK软件进行SNP的检测和注释；

（3）分离群体分组分析（BSA）：根据测序获得的SNP的检测结果，计算可育池与不育池的Δ（SNP-index）值，采用Δ（SNP-index）值的99%的置信区间，来确定目标基因所在区域,其中SNP-index指某个染色体位点含有SNP的读段数与测到的该位点的总读段数的比值， Δ（SNP-index) 指可育池与不育池的SNP-index值之差；

（4）竞争性等位基因特异性 PCR (KASP)：针对候选区间内选取的候选SNP 位点设计SNP 分型引物在F2群体中进行KASP分型，得到与不育性状紧密连锁的SNP或InDel位点，其中分型引物为：

（1）AATTACATGAATAAGTGTTCGTAATTTCG（SEQ ID NO:5）和AATTACATGAATAAGTGTTCGTAATTTCC（SEQ ID NO:6）；

（2）GGTTTGGAATCTTGCTTGGCATTG（SEQ ID NO:7）和GGTTTGGAATCTTGCTTGGCATTC（SEQ IDNO:8）；

（3）ATCTAGAAACCAAATAAAAACTATAGCCAA（SEQ ID NO:9）和CTAGAAACCAAATAAAAACTATAGCCAG（SEQ ID NO:10）；

（4）GGAACCCCTTCTGAAGCTGTG（SEQ ID NO:11）和GGAACCCCTTCTGAAGCTGTC（SEQ ID NO:12）；

（5）GGGTCACGCAGATGGGTATTGA（SEQ ID NO:13）和 GGTCACGCAGATGGGTATTGG（SEQ IDNO:14）；

（6）ATTTGGTTTCTTGATACTATCAATTATACC（SEQ ID NO:15）和ATTTGGTTTCTTGATACTATCAATTATACG（SEQ ID NO:16）；

（7）TACGTGAATATTTTCTTTTTCTTTATACGTAT（SEQ ID NO:17）和CGTGAATATTTTCTTTTTCTTTATACGTAG（SEQ ID NO:18）；

（8）AAGACTAATATGCCCTTCCTCTTCTA（SEQ ID NO:19）和 GACTAATATGCCCTTCCTCTTCTG（SEQ ID NO:20）；

（9）TATGTACAGCATCAACAAGTGTGCA（SEQ ID NO:21）和 TGTACAGCATCAACAAGTGTGCC（SEQID NO:22）；

和

（10）TTCGAACATATACAAAAGTAGATATATCAAAA（SEQ ID NO:23）和CGAACATATACAAAAGTAGATATATCAAAC（SEQ ID NO:24）；

（5）根据KASP分型结果构建遗传图谱，定位雄性不育基因。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于步骤（4）中F2群体中的植株至少为500株。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于步骤（4）中F2群体中的植株为938株。