[发明专利]一个参与番茄红素生物合成的circRNA PSY1-circ1

说明书

本发明涉及核酸领域，具体涉及一种circRNA及其应用。更具体地，本发明提供了一种序列为SEQ ID NO:1所示的circRNA PSY1‑circ1、用于扩增该circRNA PSY1‑circ1的引物对、包含该circRNA PSY1‑circ1的表达载体。藉由本发明的circRNA PSY1‑circ1，可以实现对植物八氢番茄红素合成酶1基因(PSY1)表达、植物类胡萝卜素含量以及番茄果实颜色发育的调控。

技术领域

本发明涉及核酸领域，具体涉及一种circRNA及其应用。

背景技术

环形RNA是一类单链、共价闭合环状的转录产物。真核生物中有一类源自于mRNA前体反向剪接(Back-Splicing)(Lasda and Parker,2014)的环形RNA，被称作circRNA。

据报道，早在20多年前，circRNA就已经被鉴定出(Cocquerelle et al.,1993；Nigro et al.,1991；Pasman et al.,1996)，但大多数被认为是异常剪接的产物，其存在和潜在功能均未被重视。

近年来，随着二代高通量测序技术以及生物信息技术的发展，科学家们发现circRNA在各类真核生物中广泛存在(Hansen et al.,2011；Memczak et al.,2013；Salzman et al.,2013；Salzman et al.,2012；Wang et al.,2014)。目前，在真核生物中发现的大部分circRNA的丰度均非常低，说明其可能是一些RNA剪接的副产物，具有重要生理功能的可能性较低(Bachmayr-Heyda et al.,2015；Guo et al.,2014；Salzman et al.,2013；Zhang et al.,2014)。然而，研究也发现了许多高丰度的circRNA，暗示其具有重要的生理功能(Hansen et al.,2011；Jeck et al.,2013；Memczak et al.,2013；Salzman etal.,2013；Salzman et al.,2012)。

circRNA较线性RNA稳定，并多定位于细胞质中(Jeck et al.,2013；Memczak etal.,2013；Salzman et al.,2012)。此外，circRNA的环化具有保守性，其表达模式往往具有时空特异性(Jeck et al.,2013；Memczak et al.,2013；Salzman et al.,2013；Szabo etal.,2015；Veno et al.,2015)。

circRNA的生物合成受顺式元件(cis-element)和反式因子(trans-actingfactor)调控(Chen,2016；Salzman,2016)。反向剪接位点(Back-Splicing Site)两侧内含子中的互补序列或反向重复序列可通过形成发卡结构等二级结构的方式促进circRNA的生成(Jeck et al.,2013；Kramer et al.,2015；Liang and Wilusz,2014；Zhang et al.,2014)。有些外显子的侧翼内含子序列中含有多对互补序列，可通过形成不同的互补结构而产生多种circRNA，该过程被称作选择性环化(Alternative Circularization)(Zhang etal.,2014)。然而，有许多circRNA的侧翼序列并不含互补序列，说明可能存在其他顺式元件如一些RNA结合蛋白(RNA-binding protein,RBP)识别序列参与环化过程(Ashwal-Flusset al.,2014；Conn et al.,2015；Wang and Wang,2015)。