[发明专利]藜麦二态性InDel分子标记及其开发方法与应用

说明书

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种藜麦二态性InDel分子标记及其开发方法与应用，该分子标记通过38个位点所对应的正向、反向引物对来对异源四倍体藜麦基因分型，可极大的提高藜麦基因分型的准确性，降低了高多态性分子标记在藜麦基因分型中的读带错误率。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种藜麦二态性InDel分子标记及其开发方法与应用。

背景技术

InDel(Insertion/Deletion)又称为插入缺失，通常是指相比于一个基因组，另一个基因组序列存在一定数量核苷酸的插入或缺失。根据基因组插入缺失位点设计可以扩增这些位点的引物就是InDel分子标记。该标记能够显示扩增序列的长度差异，具有稳定性高、共显性等特点，可以用于遗传图谱构建、遗传多样性分析、群体结构评价以及核心种质筛选等。由于基因组中存在较丰富的InDel变异，且InDel变异可以在基因内或基因调控区域发生，因此，InDel变异具有发展成为功能性分子标记的潜力。

藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)，是原产于南美安第斯地区一年生双子叶草本植物，其在安第斯地区具有上千年的栽培历史，具有出色的耐干旱、耐盐碱的特性，是安第斯地区的主要食物来源。由于其种子营养均衡，已被联合国粮农组织认定为单体即可满足人体基本营养需求的唯一植物。藜麦市场需求逐年扩大，种植地已经扩展到欧美、日本、中国等地。藜麦是异源四倍体物种(2n＝4x＝36)，含有两个基因组亚组，其基因组大小约为1,448Mb。由于关于藜麦的分子生物学研究并不深入，已报道的藜麦分子标记并不丰富。常用的分子标记为Mason等(2005)和Jarvis等(2008)鉴定的SSR(simple sequence repeat)标记，但总量只有数百个。特别是某些SSR分子标记可检测的等位基因多达数十个，在基因分型过程中会产生混淆，造成基因分型的准确性降低，不方便利用。因此，发展二态性InDel分子标记可大大提高四倍体藜麦基因分型的准确性和可操作性。

发明内容

本发明主要提供了一种藜麦二态性InDel分子标记及其开发方法与应用，可以针对现有藜麦分子标记在基因分型中的不足，利用这些分子标记可极大的提高藜麦基因分型的准确性。其技术方案如下：

一种藜麦二态性InDel分子标记，包括如下38个位点所对应的正向、反向

引物：

优选的，所述分子标记对藜麦基因组DNA进行PCR扩增后，在纯合位点可以扩增出一条等位基因，在杂合位点可以扩增出两条等位基因。

一种藜麦二态性InDel分子标记的开发方法，该方法包括以下步骤：

(1)获取藜麦基因组序列信息；

(2)利用mInDel软件对藜麦基因组序列进行预处理、组装、InDel分析、引物设计及评价；

(3)筛选较好的二态性InDel分子标记PCR扩增藜麦基因组DNA进行验证。

所述藜麦二态性InDel分子标记在异源四倍体藜麦基因分型中的应用，具体步骤如下：

(1)采用所述InDel分子标记的引物对藜麦基因组DNA进行PCR扩增；

(2)对扩增产物进行凝胶电泳检测；

(3)读取凝胶电泳检测的扩增条带确定基因型；

(4)基于基因型结果对藜麦种质进行群体结构评价、系统进化树构建、遗传多样性分析及核心种质筛选的应用。

采用上述分子标记，本发明具有以下优点：